Se dedicó a la carrera militar y en 1833 alcanzó el grado de subteniente.

Desempeñando este puesto se dio la invasión del general Francisco Morazán que derrocó a Carrillo.

En 1846, el entonces jefe de Estado José María Castro Madriz lo acusó a él y a su hermano José María de fraguar una conspiración en su contra, que nunca logró probarse.

A pesar de ello, en 1847 estuvo confinado en Térraba por motivos políticos junto con su hermano José María Alfaro Zamora.

En 1861 se le nombró de nuevo gobernador de Alajuela, puesto al que renunció en 1863 debido a una enfermedad y a su edad avanzada, solicitando una pensión debido a su pobreza, la cual, por motivos políticos, no le fue concedida hasta 1868, por el presidente Jesús Jiménez Zamora.