A poco de iniciada su administración se enfrentó con el Congreso, que fue disuelto mediante un decreto presidencial.

Sin embargo, poco después fue elegido un nuevo Congreso y se restableció la tranquilidad.

En mayo de 1868 Jesús Jiménez Zamora fue elegido Primer Designado a la Presidencia.

En esta administración se creó el Colegio San Luis Gonzaga en Cartago y se dio gran impulso a las obras de la carretera entre el valle central y el mar Caribe.

El Licenciado Jiménez se retiró a Cartago, pero ante la amenaza de que sus adversarios le abriesen un juicio de residencia decidió abandonar el país y partió a Panamá.

Sin embargo, algunos meses más tarde el gobierno de Tomás Guardia Gutiérrez expidió una amnistía en su favor y le permitió regresar a Costa Rica.