Su desempeño en este último cargo fue especialmente brillante, y se distinguió por su defensa de la institución del asilo político y por la elaboración de un novedoso plan de instrucción pública, que no llegó a ponerse en ejecución.
En 1868 se lanzó su candidatura a la Presidencia de Costa Rica; pero el apoyo expreso que le dio el presidente José Castro Madriz despertó mucha oposición.
En 1873 fue expulsado de Guatemala por el gobierno de Justo Rufino Barrios, y se radicó en San Francisco, California, donde se habían establecido otros distinguidos costarricenses, entre ellos el expresidente José Montealegre Fernández.
En 1874 pudo volver a Costa Rica y se estableció en la población de San Ramón, donde se dedicó a impartir lecciones de Derecho.
Fue elegido para presidir la Asamblea Constituyente de 1880, cuyas sesiones fueron suspendidas por decisión del presidente Tomás Guardia Gutiérrez.