Don José María nació entre 1793 y 1794, contrayendo nupcias con Petrona Espinoza en 1812.

Manuel José Arce fue elegido primer presidente de la República federal, propuesto por el partido liberal.

Sin embargo, ya en la presidencia empezó a favorecer al sector conservador de Guatemala, creando recelos entre los demás Estados de la Federación; esto, aunado a la intervención que hizo tanto en Guatemala, Honduras y El Salvador, terminó por caldear la situación política de Centroamérica.

[16]​ En 1842, debido a los intentos colonialistas ingleses, Morazán decidió salir en defensa de la Nación Centroamericana, convocando a varios de sus amigos en el exilio, entre ellos el entonces coronel Barrios.

Fue aquí donde le ofreció sus servicios al Gobierno salvadoreño para luchar contra los ingleses,[17]​ y de aquí avanzan hasta San Miguel, donde le esperaban numerosos partidarios; dicha proposición fue rechazada por el entonces gobernante Juan José Guzmán.

[19]​ Morazán logró su cometido de deponer a Carrillo con la ayuda de los generales Enrique Rivas, Manuel Antonio Molina y Vicente Villaseñor, este último nombrado por el régimen para que luchara contra Morazán.

[22]​ De regreso en El Salvador, Barrios se dedicó nuevamente a las labores agrícolas, visitando seguidamente la ciudad de San Miguel, donde asistía a bailes y recepciones; fue durante estos que conoció a la señorita Adelaida Guzmán Saldos, hija del general Joaquín Eufrasio Guzmán y de Paula Saldos.

Barrios fue alertado por su suegro y, en compañía del general Cabañas, se alzó en armas en San Miguel, el 5 de septiembre de 1844;[24]​ luego avanzaron hasta Cojutepeque, pero, al no encontrar apoyo, decidieron refugiarse en Nicaragua.

Ante esta situación, y contra su voluntad, Barrios regresó a El Salvador.

[25]​ Una vez en el país, Barrios difundió el rumor de que Malespín había sido derrotado en León y que huía hacia Costa Rica; y, con ayuda del general Cabañas, convenció a su suegro de que se hiciera cargo del Ejecutivo.

[28]​ Barrios regresó a fines de 1849 a El Salvador, comprándose una casa en el país, la cual se hallaba situada en la calle del Calvario (hoy la esquina formada por la 6.ª calle Poniente y la 6.ª avenida Sur).

[39]​ Al tener conocimiento de esta acta, Campos emitió un decreto ejecutivo en el que declara faccioso y rebelde a Barrios; para este, entonces Barrios se movilizó junto al licenciado Dueñas al frente del ejército que venía de Nicaragua, cuando Dueñas se adelantó para «parlamentar» con el presidente Campo sobre las bases de su renuncia y el cambio de autoridad militar.

[53]​ Antes de la entrega del poder a Santín, diversos sectores rumoraban que Barrios se alzaría y no lo entregaría; rumor que quedó desvirtuado con el mencionado traspaso de mando.

[54]​ Tras la renuncia de Barrios a la comandancia, se dio el alzamiento de Sonsonate en apoyo al presidente Santín —en realidad, había otras municipalidades implicadas, pero solo Sonsonate siguió el plan original—.

[57]​ Tras el breve ejercicio de la presidencia por parte del general Guzmán, este la cedió al licenciado José María Peralta, entonces primer designado.

Barrios gobernaría con relativa tranquilidad durante tres años,[59]​ si bien tuvo problemas con el régimen de Guardiola.

La comitiva estaba integrada, además, por doña Adelaida Guzmán de Barrios, doña Virginia Guzmán (cuñada de Barrios), doña Dolores López de Lobo Guerrero, doctor Eugenio Aguilar, presbítero Estanislao Campo, don Federico Meany, don David Guzmán y otros.

[61]​ En el 31, fue invitado por los padres jesuitas para visitar en la noche el Colegio y Seminario de la Asunción, que en ese tiempo regían; fue acompañado por su esposa, su hermana y prima que, si bien eran prohibidas a entrar, los jesuitas solicitaron y obtuvieron permiso del obispo para relajar la regla en ese caso.

[62]​ En el 1 de enero de 1861, el presidente Rafael Carrera dio un banquete para Barrios, al cual asistieron los ministros del Gobierno y sus esposas, los agentes extranjeros, los obispos y otros sumando a 55 personas; no asistieron la hija mayor del presidente Carrera ni el ministro de Hacienda y su esposa.

En el 28, el ministro general del Gobierno, Manuel Irungaray, salió de San Salvador para Sonsonate a encontrar a sus hijas, que eran parte de la comitiva.

Las principales iniciativas durante este periodo fueron las siguientes: Debido a estas obras, y otras más, es que se considera a Barrios como un estadista enfocado no solo en sus propios intereses, sino en el progreso de su pueblo.

[cita requerida] Las políticas del general Barrios estaban basadas en los textos morazánicos de legislación; sus políticas eran liberales y, en uno y otro momento, iban a generarle dificultades con su vecino guatemalteco, el cual era el refugio de los conservadores.

Hubo dos motivos por los cuales se exacerbaron los ánimos entre ambos países: Los ataques entre ambos países eran repetidos; ya para 1862, los periódicos oficiales de Guatemala y El Salvador se acusaban mutuamente de interferencia política.

Rafael Carrera dispuso sus fuerzas a lo largo de la frontera salvadoreña, empezando la movilización hacia territorio salvadoreño; ocupó las ciudades principales a lo largo de la frontera y estableció el cuartel en Santa Ana.

Asimismo, en esta época rompieron relaciones El Salvador y Nicaragua, después de la fallida invasión del general Máximo Jerez en San Felipe, en que se da clima para lo que sería el segundo enfrentamiento del Ejército salvadoreño en 1863.

[75]​ A Barrios no le quedó más opción que atrincherarse en San Salvador, construyendo todo tipo de fortificaciones; los exiliados, por su parte, proclamaron presidente a Francisco Dueñas el 10 de junio.

Los enfrentamientos llegaron a su clímax en octubre, cuando Carrera ordenó fuego contra San Salvador;[77]​ a más de un mes, y sin agua en la capital, la plaza de San Salvador cayó el 26 de octubre, abandonando Barrios ese mismo día la ciudad, aunque su idea fuese morir en el sitio.

Siguiendo el plan, Cabañas se alza en armas en San Miguel; no obstante, la rebelión fracasó por falta de apoyo.

[86]​ Así, la sentencia fue ratificada por Dueñas, decretando que fuera ejecutada dentro de seis horas, por las circunstancias del caso.

[94]​ Una de las plazas de San Salvador fue nominada como Plaza Barrios, donde además se encuentra la estatua ecuestre ordenada por el general Carlos Ezeta a Francisco Durini[95]​ (donde, como punto curioso, las nalgas del caballo apuntan hacia donde antiguamente se localizaba el Edificio Dueñas, destruido con el terremoto de 1986).