Después de diversas estancias en Costa Rica, Estados Unidos y Guatemala, regresó definitivamente a El Salvador en 1885.

Carlos Ezeta gobernó de forma provisoria el país hasta el 1 de marzo de 1891 cuando toma posesión como presidente electo, teniendo como vicepresidente a su hermano Antonio Ezeta (quién se trasladó a vivir a Santa Ana, donde se instaló en el palacio municipal de dicha ciudad que se convirtió en un edificio totalmente militar con solo las oficinas del alcalde y gobernador adentro).

[1] Durante su administración tuvo lugar la guerra del Totoposte con Guatemala, llamada así porque el presidente guatemalteco, general Manuel Lisandro Barillas movilizó tropas a la frontera, pero éstas nunca llegaron a combatir; de esta forma, la guerra sólo sirvió para mandar provisiones de maíz molido (totoposte) a las tropas.

[3] En 1893, debido a la crisis financiera y a que el presidente Ezeta había duplicado el derecho de exportación del café, se empezó a gestar un movimiento revolucionario para derrocar al gobierno; por un lado se encontraban varios de los contrarios al gobierno de Ezeta que estaban exiliados en Guatemala (donde estaban preparándose y alistándose para la revolución, y donde recibieron apoyo del presidente guatemalteco Manuel Estrada Cabrera), y por otro lado otras personas contrarias al gobierno que se encontraban en territorio salvadoreño buscando obtener el dinero suficiente (en total 100.000 pesos) para llevar a cabo la invasión que sería liderada por Doroteo Caballero y Rafael Antonio Gutiérrez.

[3] Ezeta fue derrocado por la revolución de los 44, y se exilió en Mazatlán Sinaloa, México, donde murió.