Al siguiente día nombró Auditor general de guerra al doctor Miguel Chacón, el doctor Prudencio Alfaro pasó a ser nombrado su Secretario privado y el coronel Mariano Morán fue nombrado Gobernador y Comandante general del departamento de Santa Ana.

En el 7 de mayo acordó retirar el execuátur al vicecónsul inglés en Santa Ana, J. Guillermo Paine.

[3]​ En el 12 de mayo nombró Oficial Mayor del Ministerio General al doctor Francisco Catarino Alarcón y como escribientes a Rafael Paz, Enrique Chacón y Francisco B. Salazar.

El siguiente día facultó al general Aquilino Duarte y Máximo Cerna para que en Metapán y demás poblaciones donde llegue la comisión contraten empréstitos con base al decreto del 2 de mayo.

[4]​ En el 9 de junio el presidente Carlos Ezeta deja la capital embarcándose en el vapor Valeria desde el puerto de La Libertad hacia Costa Rica, mientras que su hermano Antonio huye poco después desde el mismo puerto en el cañonero estadounidense Bennington (gracias a las gestiones del general Heriberto Jeffries) hacia San Francisco, California.

[6]​[7]​ En el 16 de junio de 1894, el gobierno por medio del Secretario de Relaciones Exteriores, Instrucción Pública y Justicia Jacinto Castellanos envió un mensaje al cuerpo diplomático cerca del gobierno salvadoreño explicando la situación política en El Salvador, el siguiente día mandó circulares a los gobiernos de Centroamérica y a los gobiernos extranjeros explicando la situación del país que leía como sigue:[2]​

En su periódico El Látigo los periodistas y estudiantes universitarios José Gustavo Guerrero y Vicente Trigueros hacían fuertes críticas al gobierno por su manejo de la crisis.

Los jóvenes periodistas fueron expulsados según el reglamento reformado, provocando protestas una huelga estudiantil.

Algunos de los estudiantes formaron su propia institución que llamaron la Universidad Libre; esta duró cinco meses y medio.

Este decreto no llegó a entrar en vigencia por el golpe de Estado contra Gutiérrez.

Los negocios de los ministerios del estado fueron encargados a un solo Secretario General que tendría los empleados subalternos necesarios.

[22]​ Los miembros del nuevo Consejo del Estado fueron nombrados el 2 de noviembre; fueron nombrados el doctor Manuel Delgado como primer consejero de estado y Carlos d'Aubuisson como segundo.

[23]​ La nueva constitución federal declaró que los municipios serían autónomos e independientes de los otros poderes, y por tanto los gobernadores departamentales fueron suprimidos en el 1 de noviembre; en su lugar habían de ser organizados los Consejos Departamentales que serían organizados por la legislatura estatal.

Traicionado por su mejor amigo, el general Tomas Regalado responsable del golpe de Estado que derrocó su gobierno.