Posee una longitud de 85 km, su naciente se encuentra en las estribaciones norte de la cordillera Volcánica Central, en la laguna Botos del volcán Poás, a la que provee desagüe, y vierte sus aguas en el río San Juan, que desemboca en el mar Caribe.

La distancia a recorrer hasta el mar, además, es mayor, por lo que los ríos suelen ser más largos y caudalosos, aunque navegables, con tendencia a formar meandros y bifurcarse en dos o más brazos.

La parte alta de la cuenca se encuentra protegida por los parques nacionales volcán Poás y Braulio Carrillo.

A lo largo del cauce del río Sarapiquí se han establecido otras reservas y refugios de vida silvestre, como el refugio nacional de vida silvestre Tapiria.

La región fue asiento de poblados precolombinos, por lo que se han encontrado sitios arqueológicos con cementerios y petroglifos.

El río Sarapiquí es uno de los ríos navegables del país, por lo que tiene gran relevancia socioeconómica para la región, gracias al transporte fluvial.

A la vera del río se encuentran las poblaciones de San Miguel, La Virgen y Puerto Viejo.

Existe una alta producción de banano, pero también se cultiva café, cardamomo, cacao, maíz y otras frutas.