Juan Alfaro Ruiz (Grecia, 1810 - Alajuela, 1856) fue un militar y diputado costarricense, héroe nacional del país por su participación durante la Campaña Nacional de 1856-1857 que enfrentó a la nación contra los filibusteros de William Walker.

Tuvo un rol importante en los movimientos contra el gobierno de Jose Maria Castro Madriz entre 1847 y 1848, donde propicio levantamientos en Alajuela contra éste.

El 11 de abril de 1856 se desencadenó la fiera batalla de Rivas entre los filibusteros y el ejército costarricense, mandado en persona por el presidente Juan Rafael Mora Porras, su hermano José Joaquín y el general José María Cañas Escamilla.

Juan Alfaro Ruiz falleció poco después ese mismo año, víctima de la peste del cólera.

Fue declarado posteriormente Héroe Nacional de Costa Rica.