Recorre el cantón del mismo nombre en la provincia de Alajuela.

La cuenca del río San Carlos abarca un área aproximada de 3100 km².

Sus paisajes ofrecen vistas únicas en el país, como el atisbamiento del Volcán Arenal en una gran cantidad de lugares ubicados en las inmediaciones del río, el cual es un punto de referencia en San Carlos y del país, ya que ha propiciado un desarrollo turístico y económico sin precedentes en La Fortuna de San Carlos.

Sus actividades turísticas se basan en mayor cuantía en los recorridos por montaña y río, como es el caso del recorrido Boca Tapada-Río San Juan, a su vez, las actividades comerciales a base del turismo se sustentan en el ámbito de la hotelería y restaurantes.

La cuenca del río San Carlos, aunque en su gran mayoría se ubica en el cantón de San Carlos, también abarca los territorios de Guatuso, Sarapiquí, Tilarán, San Ramón, Abangares, Montes de Oro, Sarchí, Zarcero, Monteverde y Puntarenas.