El sistema hidrográfico está representado por los ríos de San Juan del Sur, Escameca, Escamequita, La Flor, El Ostional, El Naranjo y Marsella.
En 1849, el Comodoro Cornelius Vanderbilt, junto con Nathaniel SH Lobo creó la "American Atlantic and Pacific Ship Canal Company" y se le adjudicó la concesión por el gobierno nicaragüense para crear un canal transoceánico a través del río San Juan de Nicaragua.
La "Compañía del Tránsito" operó durante 16 años trasladando personas desde Nueva York hacia San Francisco y viceversa.
El teniente Callender Irvine Fayssoux fue ascendido a capitán por Walker y recibió donación de la hacienda Rosario.
Hombres: 8,268 (51.5%) Mujeres: 7,772 (48.5%) Rural: 7,091 (44.2%) Urbano: 8,949 (55.8%) San Juan del Sur tiene una población actual de 16,040 habitantes.
El clima es cálido con estaciones húmedas y secas, pero esto varía dependiendo de la altitud.
Los ríos de San Juan, Escameca, Escamequita, La Flor, El Ostional, el Naranjo y Marsella.
Existe un importante número de casas que constituyen una segunda residencia para familias pudientes nicaragüenses.
En el municipio se siembra arroz, frijoles, maíz y sorgo, solo este es comerciable, el resto son para autoconsumo mayoritario.
Cabe señalar que entre estos productores la mayoría dedica las tierras en la producción de pasto para la ganadería.
Existe un cementerio ubicado en el casco urbano con una superficie de 5 manzanas, el cual se encuentra con suficiente vida útil para varios años.
Se va a construir un mercado moderno saludable acorde al desarrollo del turismo.
Actualmente cuenta con un rastro modelo FISE, que no se encuentra en funcionamiento por ser muy pequeño.
En las comunidades rurales se destaza en condiciones irregulares (en placetas, al aire libre) y con poco o ningún control sanitario, medidas higiénicas, etc. Existe un parque de cobertura municipal situado al costado occidental del Templo Parroquial, administrado por la Alcaldía, la cual se encarga de brindarle mantenimiento.
El municipio es recorrido de norte a sur por altas montañas como: Mira Flores, Ojo de Agua Carrizal, Cuesta del Coyol, Cerro El Papal, Cerro del Jocote, Miravalles, La Cuesta, Pueblo Nuevo y Fátima.
Por su posición costera cuenta con amplios recursos naturales que hacen del municipio un sitio productivo y turístico por excelencia.
La pesca deportiva internacional ha tomado impulso en los últimos años, lo que hace más atractivo este municipio.
Existen servicio expreso hacia Managua, hay otra ruta San Juan del Sur - Rivas por el Bastón.
Además, hay un museo de piezas en cerámica precolombina y una galería en donde se exponen pinturas.
Igualmente, cada 16 de julio se celebran las fiestas en honor a la Santísima Virgen del Carmen.
A nivel municipal se cuenta con una población de 3643 alumnos atendidos por 133 maestros en 95 aulas.
El principal evento deportivo es la liga municipal de Béisbol "Héroes y Mártires del Naranjo".