Había tres disposiciones principales en el tratado: ninguna nación construiría tal canal sin el consentimiento y la cooperación de la otra; ninguna fortificaría ni fundaría nuevas colonias en la región; cuando se construyera un canal, ambas potencias garantizarían que estaría disponible en una base neutral para todos los envíos.

Estados Unidos, aunque no hacía ninguna reclamación territorial, mantenía en reserva, listos para su ratificación, tratados con Nicaragua y Honduras que le daban a Estados Unidos cierta ventaja diplomática con la que equilibrar la preeminente influencia británica en la región.

Cuando pronto se hizo evidente para los negociadores estadounidenses que sería imposible llegar a un acuerdo sobre estos puntos y que era posible llegar a un acuerdo sobre la cuestión del canal, esta última se puso en primer plano durante las negociaciones.

Después de que expiró el ultimátum, las fuerzas misquito-británicas tomaron San Juan del Norte.

[5]​ Estos colonos emigraban desde colonias británicas cercanas como las Islas Caimán y Jamaica.

Concluida la guerra entre México y Estados Unidos, el nuevo delegado de Estados Unidos en Centroamérica, Ephraim George Squier, intentó que Nicaragua, El Salvador y Honduras formaran un frente común contra los británicos, que ahora amenazaban con anexionar la isla del Tigre en la costa del pacífico de Honduras.

El Imperio británico sostuvo que el "asentamiento" exceptuado en Honduras era el "Belice" cubierto por la reclamación británica más lejana; que las islas de la Bahía eran una dependencia de Belice; y que, en cuanto a la Costa de Mosquitos, al ser las cláusulas abnegatorias totalmente prospectivas en su intención, Gran Bretaña no estaba obligada a abandonar su protectorado.

En lo que respecta a Honduras Británica (Belice), los argumentos diplomáticos británicos eran más sólidos; en cuanto al Reino Mosquito, sin tener en cuenta que el protectorado estaba reconocido por el tratado, exigir su abandono absoluto era injustificado, aunque para satisfacer el tratado Gran Bretaña estaba obligada materialmente a minorar su presencia y fuerzas.

Pero en 1880-1884 se presentaron diversas razones por las cuales los Estados Unidos podían rechazar con justicia y a voluntad el Tratado Clayton-Bulwer.