Después de que expiró el ultimátum, las fuerzas misquito-británicas tomaron San Juan del Norte.

[6]​ Concluida la guerra entre México y Estados Unidos, el nuevo delegado de Estados Unidos en Centroamérica, Ephraim George Squier, intentó que Nicaragua, El Salvador y Honduras formaran un frente común contra los británicos, que ahora amenazaban con anexionar la isla del Tigre en la costa del pacífico de Honduras.

El gobierno británico se disculpó después de que Estados Unidos enviara dos balandras armadas a la zona.

Aunque no ocupaba ningún cargo, Borland ordenó a 50 pasajeros estadounidenses con destino a Nueva York que permanecieran en tierra y "protegieran los intereses estadounidenses" mientras él navegaba hacia Estados Unidos en busca de ayuda.

Con su atención centrada en la Guerra de Crimea y la firme oposición de los empresarios mercantiles ingleses a una guerra contra los Estados Unidos, el gobierno británico se limitó a protestar y exigió una disculpa que nunca fue recibida.

[9]​ En este momento crítico, el gobierno de Honduras envió a un representante a Londres, quien consideró que la cuestión concernía principalmente a Honduras, y exigió la entrega de las islas y parte de la Costa de Mosquitos, igualmente como medida de justicia para esa república, y como medio para retirar una cuestión peligrosa entre los Estados Unidos y el Reino Unido, en la que cada parte se había comprometido públicamente a no ceder en sus pretensiones iniciales, y no podían quedar en evidencia.

Sin embargo, la reserva siguió siendo gobernada por un jefe electo, ayudado por un consejo administrativo que se reunía en Bluefields; y los miskitos negaron que la soberanía de Nicaragua connotara derecho alguno a interferir en sus asuntos internos.

[10]​[5]​ Por lo que la soberanía de Nicaragua en ese territorio fue en realidad una formalidad hasta el año 1894.

Las tropas nicaragüenses permanecieron y comenzaron el proceso de reincorporación política del territorio Mosquito.

[12]​ Finalmente, los británicos se marcharon después de recibir indemnizaciones del gobierno nicaragüense.

[13]​[14]​ La actitud agresiva de Zelaya había sus frutos, y el Reino Unido, que probablemente no quería ir a la guerra por esta tierra lejana, acabó reconociendo la toma nicaragüense del área por medio del Tratado Altamirano-Harrison en 1905, a cambio de garantizar a los nativos exención de impuestos y del servicio militar y garantizarles vivir en sus aldeas y territorios ancestrales según sus costumbres propias.