[2]​ El departamento lo cruzaban los ríos Coco o Segovia, Cucaleya, Huahua, Punta Gorda, Maíz, Prinzapolka, Grande y Escondido.

[2]​ En 1963 Zelaya estaba dividido en ocho municipios: Bluefields, Corn Island, La Cruz de Río Grande, Prinzapolka, Puerto Cabezas, El Rama, Cabo Gracias a Dios y Waspán.

Otros puertos litorales eran Cabo Gracias a Dios, Sandy Bay, Prinzapolka, El Bluff, San Juan del Norte, Laguna de Perlas y Punta Mico.

Existías aeropuertos en Puerto Cabezas, Bluefields, Siuna, Bonanza, Corn Island, San Carlos, La Tronquera, Waspán, Orofino, Karawala, entre otros más pequeños.

[2]​ Las comunicaciones internas y externas se realizaban por medio de radio telegrafía, si bien en algunos municipios existían redes telefónicas sin conexión con los otros sistemas.