En el año 714 la ciudad es ocupada por el ejército musulmán al mando de Tariq y su jefe, Muza, pasando a formar parte del Califato omeya de Damasco y del Emirato Dependiente con capital en Córdoba.
Desde ese año Saraqusta fue un puesto avanzado en la lucha contra los cristianos del norte, que se refugiaron en los valles pirenaicos de Ansó, Hecho, Sobrarbe y Ribagorza.
Empieza la época del Emirato Independiente y Abderramán I rigió un territorio autónomo, conocido a partir de ahora como al-Ándalus y que en el Valle del Ebro provocó rebeliones contra el poder central.
Sin embargo, una vez allí, el valí de Zaragoza, Husayn se negó a franquearle la entrada al ejército carolingio.
Mientras la columna carolingia cruzaba por este estrecho puerto fueron atacados en su retaguardia por contingentes vascones emboscados en las zonas escarpadas, que saquearon su impedimenta y causaron numerosas bajas entre los retenes encargados de defender los bagajes.
Estos se aliaron a principios del s. IX con los Íñigo de Pamplona, cristianos vascones con quienes mantenían lazos familiares, con el objeto de resistir a las dos potencias del momento en esta zona: la omeya y la carolingia.
En el último cuarto del siglo X, el periodo regido por Almanzor, se estableció un férreo régimen militarista que impuso la hegemonía del estado centralista cordobés en toda la península, sofocando cualquier resistencia a la autoridad califal con energía.
Además se rodeó de secretarios-poetas entre los que destacan Ibn Darray y Said al-Bagdadi.
Para contrarrestarles, Mundir I se alió con Barcelona y Castilla, logrando mantener en paz su reino.
Hacia 1022 a Mundir le sucedió Yahya al-Muzaffar, su hijo, que continuó las hostilidades contra Sancho el Mayor.
Fruto de este matrimonio nacería Mundir II (Mu'izz al-Dawla) que le sucedería a su muerte en 1036.
El primer rey hudí de Zaragoza murió en 1047, pero ya antes comenzaron a advertirse las tendencias separatistas de sus cinco hijos, que acabaron por independizarse y acuñar moneda propia: en Lérida Yúsuf al-Muzáffar, en Huesca Lubb (Lope), en Tudela Múndir, en Calatayud Muhámmad y en Zaragoza Áhmad al-Muqtádir, que finalmente impondría su poder en estas guerras fratricidas.
Abú Bakr salió a recibirlo y, ante el alarde zaragozano, se declaró su vasallo, con lo que Zaragoza consiguió conectar sus posesiones.
Allí se dieron cita poetas, músicos, historiadores, místicos y, sobre todo, nació la más importante escuela de filosofía del islam andalusí; la primera que introdujo plenamente la filosofía de Aristóteles y la concilió con la fitna o sabiduría islámica, labor que, iniciada en Oriente por Ibn Sina (Avicena) y Al-Farabi, fue desarrollada con un criterio independiente por Ibn Bayya, el Avempace de los cristianos.
Celebrados los esponsales en enero de 1085, las alianzas matrimoniales duraron poco, pues Abú Bakr moría en junio y Al-Mutaman en otoño.
Para intentar oponerse al reino de Aragón, Al-Mustaín debía pagar fuertes parias a su protector, Alfonso VI.
Al-Mustaín II consiguió mantener un difícil equilibrio político entre dos fuegos, pero en 1110 fue derrotado y muerto en la batalla de Valtierra, cerca de Tudela, frente a Alfonso I el Batallador, que ya había tomado Ejea y Tauste.
Abdelmálik huyó a refugiarse en la inexpugnable fortaleza de Rueda, donde permanecerá acosando al gobierno almorávide.
Con ello se llegó a la máxima expansión del imperio almorávide, cuya frontera norte seguía aproximadamente los cursos de los ríos Tajo y Ebro.
Los musulmanes ocuparon las ciudades ya existentes, aunque muy deterioradas, del bajo imperio romano y la civilización visigoda, restituyéndolas a un nuevo esplendor.
En otros casos fundaron ciudades de nueva creación, cuales son Tudela, Calatayud, Daroca o Barbastro.
Así lo atestigua el célebre geógrafo Al-Idrisi, describiendo la ciudad de Zaragoza, que fue llamada Medina Albaida (esto es, «la ciudad blanca»), no solo por sus enlucidos de cal, sino por la presencia en sus murallas, palacios y edificios del material más usado en su construcción: el alabastro.
Los judíos, perseguidos durante la época visigoda, mejoraron mucho la situación, dedicándose sobre todo al comercio, las finanzas, la política y la cultura.
Ya antes de los disturbios, a finales del siglo X, se había asentado en Saraqusta el célebre poeta Yusuf ibn Harun ar-Ramadi (m. 1022), panegirista de Almanzor, que difundió en esta ciudad las modas líricas cordobesas, dirigiendo elogios poéticos a los tuyibíes.
Incluía a modo de apéndice un diccionario donde utiliza recursos comparatistas (ciencia que no se desarrollará hasta la filología diacrónica comparatista del XIX) y que está considerada la cumbre de la lexicografía hebrea medieval.
La cultura zaragozana, durante la época del dominio hudí, llegó a su máximo desarrollo, sobre todo en las disciplinas matemáticas y en el cultivo de la filosofía.
Pero el máximo esplendor de la corte zaragozana coincide con su esplendor político y se produce en la segunda mitad del siglo XI con los reinados de Al-Muqtádir (1046-1081), Al-Mu'tamin (1081-1085) y Al-Musta'in II (1085-1110), continuando con la regencia almorávide hasta la conquista cristiana en 1118.
Katib o secretario de Al-Muqtádir fue Abu l-Mutarrif ibn ad-Dabbag, que destacó en el género epistolar.
En el ámbito científico destacó el médico cordobés Amr ibn Abd al-Rahman al-Kirmani (h. 975-1066) que, durante las guerras civiles, viajó a Bagdad y regresó a al-Ándalus atraído por la fama de Al-Muqtádir, viviendo allá hasta su muerte.
He aquí como muestra dos jarchas de Al-Yazzar as-Saraqusti: En cuanto a literatos y científicos judíos, destaca el médico Yonah ben Yishaq ibn Buqlaris, que compuso en 1106 un notable tratado sobre medicamentos simples, el Kitab al-Mustaini, o Libro de Al-Mustaín (así llamado por estar dedicado al soberano), en el que recoge los nombres en romance andalusí (la lengua mal llamada mozárabe) de numerosas plantas medicinales.