Durante la emancipación de las colonias americanas (1810-1816) se declaró Estado Libre, el cual por diferencias ideológicas y políticas con las otras provincias granadinas se enfrentó contra ellas dando lugar a la primera guerra civil colombiana (periodo que se conoce en Colombia con el nombre de Patria Boba); finalizada esta contienda Santafé se incorporó a las Provincias Unidas de la Nueva Granada.
Entre los grupos indígenas existentes se destacaban los Muiscas, Panches y Pijaos.
[2] Más tarde España dividió el territorio del Nuevo Reino de Granada en provincias.
Alexander von Humboldt visitó Bogotá a principios del siglo XIX, atraído por sus instituciones culturales y científicas, entre las que se contaba el primer observatorio astronómico de América, y que había sido promovido por Mutis.
[5] Entre 1807 y 1808 las tropas francesas al mando de Napoléon Bonaparte invadieron a España y este nombró rey a su propio hermano José Bonaparte.
Es así como España vivió su propia guerra de independencia contra Francia entre 1800 y 1814, momento que aprovecharon sus colonias para reclamar su derecho a ejercer un autogobierno.
Ese mismo año otras provincias de la Nueva Granada establecieron Juntas Supremas.
Santa Fe quedó entonces como provincia del departamento de Cundinamarca, y cambiado su nombre definitivo a Bogotá.
En 1861, al consolidarse el federalismo en el país, se crea el Estado Soberano del Tolima a partir de las provincias de Mariquita y Neiva, pertenecientes hasta entonces a Cundinamarca.
Si bien casi siempre el perfil de la provincia correspondía a lo que hoy son los departamentos del Meta, Vichada y Cundinamarca, las constantes agregaciones y segregaciones cambiaban mucho la faz del territorio.
Era una de las regiones más grandes y más inexploradas de la Nueva Granada, lo que dificultaba la comunicación con otras provincias, especialmente con Antioquia, Tunja y Mariquita, con quienes mantenía un comercio muy activo.
En un principio se encontraba dividida en partidos, que luego pasaron a llamarse jurisdicciones.
En 1825 la provincia se encontraba distribuida en los cantones de Bogotá, Funza, Guaduas, La Mesa, Tocaima, Ubaté y Zipaquirá.
[7] En 1843 estaba fraccionada en los cantones de Bogotá, Cáqueza, Chocontá, Funza, Fusagasugá, Guaduas, Guatavita, La Mesa, San Martín, Tocaima, Ubaté y Zipaquirá.