El topónimo «Quetame» significa en muysc cubun (idioma muisca) «Vuestra labranza del monte».

Quetame posiblemente pertenece a la lengua general Muisca y presenta los vocablos quie-quye "madera, bosque, árbol", ta "dominio, labranza", ma "tuyo, suyo".

El poblado tomó su nombre del cacique Pedro Quetame, quien a finales del siglo XVI tenía a su cargo la capitanía de Quetame, dependiendiente de Ubaque.

Quetame fue fundado el 26 de junio de 1826, por el reverendo padre José Joaquín Guarín en Quetamito, lugar que se incendió debido a que sus casas eran de bahareque y paja; la población fue destruida en su totalidad por las llamas, situación que obligó al traslado al sitio actual, en el terreno donado por Don Ezequiel Castro.

Ninguno de ellos dejó más víctimas y tampoco daños materiales.