[3]​ Este periodo es llamado La Primera República de la Nueva Granada pero debido a este conflicto y conflictos posteriores, dicho período es conocido como Patria Boba.

Liderado por Bogotá, Cundinamarca controlaba el altiplano central, históricamente la región hegemónica de la Nueva Granada por ser la más rica y poblada.

Nariño consideraba pernicioso unirse a una confederación, ya que Cundinamarca perdería sus recursos e influencia.

[14]​ Gracias a estos factores nacen verdaderas «ciudades-Estados» con sus propias constituciones.

Como sucedió en Venezuela o el Río de la Plata, una vez que la capital virreinal reclama su autonomía frente a la metrópolis las principales urbes empiezan a cuestionar su hegemonía:[15]​ «Como pasaba en las ciudades-estado de la antigua Grecia, todas las ciudades querían preservar su propia soberanía, y las disputas surgían cuando cada ciudad quería defenderse de lo que consideraba la tiranía de las demás».

[19]​ Con el triunfo de Cundinamarca, la guerra terminó momentáneamente, después de que los dos bandos acordaron unir fuerzas contra el enemigo común: los ejércitos realistas.

La tregua fue aprovechada por Nariño para comandar una campaña contra los realistas que controlaban las provincias de Pasto y Popayán.