[21] El general Nariño es dejado atrás y deambula por tres días en los bosques cercanos hasta decidir entregarse a sus enemigos.La estadía de Bolívar en el puerto fue breve, poco después marchó al interior.[22] No eran los únicos, muchos oficiales y políticos venezolanos llegaron huyendo de la derrota sufrida en Venezuela.[40] Aunque el ingeniero militar Francisco José de Caldas[nota 4] afirmaba que las Provincias Unidas tenían diez mil hombres para derrocar a Nariño, a quien llamaba tirano,[42] la verdad es que los ejércitos neogranadinos siempre fueron de tamaño reducido.[35] El historiador español Salvador de Madariaga estimó que en 1814 los patriotas contaban con 3000 hombres dispersos en Cúcuta, Casanare y Popayán,[43] otro tanto guarnecía Cartagena pero actuaba por su cuenta y otro tanto se había perdido en la malograda expedición de Nariño.Los primeros se constituían de las milicias coloniales, especialmente las disciplinadas, y servían como reserva.[33] El historiador español Francisco Antonio Encina sostuvo que la hueste federal incluía 1000 veteranos al mando del general Urdaneta, 2000 milicianos a pie aportados por las provincias (muchos armados sólo con machetes) y 2000 lanceros a caballo que se le sumaron durante su marcha por Cundinamarca.Ante tal situación, el batallón Barlovento y algunos escuadrones de tunjanos rodearon la ciudad al moverse hacia la derecha, arrollaron al batallón Auxiliar Fucha,[69] que fue desalojado del sector homónimo y debió retirarse al interior de la ciudad,[64] y ocuparon el barrio de Santa Bárbara (sur)[69] que tomaron por asalto a las 13:00.[64] La lucha fue feroz y duró hasta el anochecer, momento en que los atacantes establecieron un fortín en Belén.[70] Los federalistas habían sufrido 29 muertos y heridos, peor lograron estrechar el cerco a los defensores.[70] A las 06:00, los federalistas se decidieron a estrechar el cerco sobre sus enemigos[71] y a las 10:00 una columna de los Cazadores, Dragones de Caracas y Lanceros del Socorro al mando del coronel francés Manuel Roergas Serviez tomó la batería de San Victorino, mientras otras avanzaban por las calles paralelas bajo el fuego de fusileros que les disparaban desde tejados, ventanas y balcones, dándose un combate casa por casa en algunos sectores.[72] El oficial francés continuó su ataque por la calle Real hacia la plaza mayor.[73] Al mediodía, los defensores estaban reducidos a la plaza mayor y los edificios inmediatos,[72] pero ahí apoyaban sus defensas con una numerosa artillería.[73] En San Victorino, Bolívar quitó con su propia mano la placa que conmemoraba la victoria de 1813 sobre los federalistas.[51][73] Finalmente, José María Lozano, heredero del marqués de San Jorge, intercedió para negociar una tregua.[74] En ese lapso, un oficial y 50 soldados federalistas que se descuidaron fueron degollados por sus rivales.Durante las consecuentes negociaciones no se logró acuerdo alguno, lo que reinició las hostilidades.Según Caballero, en una esquina bajo un palacio, más de 17 federalistas murieron y hasta aquella jornada habían caído un total de 300, según él estimaba, mientras que los centralistas apenas perdieron un sargento y 21 soldados.[75][53] En cambio, Caballero afirma que todos los centralistas estaban en la plaza esperando el último asalto cuando sus comandantes empezaron a negociar, logrando un acuerdo por el cual entregaron sus armas, lo que comenzó a las 09:00.Después de ser desarmados, los centralistas fueron dispersados y todos sus cuarteles ocupados por los vencedores.En la primera garantizaba la seguridad a todo ciudadano que vivía en la ciudad y en la segunda advertía a los soldados vencidos dispersos que serían ejecutados si no se presentaban en tres días.En la siguiente jornada,[76] el brigadier José Miguel Pey[77] fue nombrado gobernador de la provincia.[76] Karl Marx acusa a Bolívar de permitir el saqueo de la ciudad: «Aunque la ciudad había capitulado, Bolívar permitió a sus soldados que durante 48 horas la saquearan».[80] Las profesoras Alba Patricia Cardona Zuluaga y Liliana María López Lopera indican que durante la batalla gran parte de la ciudad quedó devastada.[72] Bolívar sufrió 204 muertos y 100 heridos; las bajas de los defensores fueron un poco menores.[89] Le seguían 2000 hombres, de los que un cuarto llevaban fusiles, pero en su camino se encontró con el desafío del brigadier Castillo, jefe militar del Estado Libre de Cartagena, lo que llevó a un enfrentamiento entre ambos.[85] En lo político, el virreinato se había vuelto «una colección de pequeñas repúblicas».Esto se debía a que por tradición sus valles eran muy autónomos entre sí porque su geografía los mantenía casi aislados.
Grabado de la época del brigadier Leyva.
Campañas de la Guerra de Independencia de la Nueva Granada hasta 1814.