El topónimo Fúquene proviene de dos vocablos del muysc cubun (idioma muisca), Fo y Quyny, que quieren decir «lecho del dios Fo, o Fu», a quien se le rendía culto en la isla grande de la laguna de Fúquene, que en época de la conquista española sirvió de como refugio indígena.

Los antiguos habitantes muyscas realizaban rituales a sus dioses en la laguna y la isla Santuario.

Aquella ha sido una importante base económica para los pobladores desde tiempos prehispánicos.

A finales del siglo XVI, los indígenas muiscas de la región vivían en tres rancherías, a saber: Fúquene, Nemoga y Coba.

A Fúquene se llega desde el municipio de Chía por la Ruta Nacional 45A, pasando por Zipaquirá y Ubaté hasta el casco urbano fuquenense por la variante de Capellanía y regresar para proseguir a Chiquinquirá en Boyacá o también en la misma inspección ir a Guachetá y de ahí a Ráquira.