Tras la conquista cristiana por el reino de León, Badajoz cambió su posición estratégica al encontrarse junto a la frontera con Portugal.
Estos datos indican que hay numerosos pobladores en las vegas del Guadiana, donde realizan trabajos al aire libre fuera de los anteriores cobijos de cuevas, lo que hace presumir una climatología más benigna para desarrollar trabajos sobre el terreno.
Le sigue la Edad del Hierro, entre los siglos VIII y V antes de Cristo.
Los restos aparecidos en la época del Bronce final son, fundamentalmente, necrópolis, cistas que consisten en enterramientos individuales compuesto por cuatro lajas de pizarra cubiertas por otra, armas como hachas y espadas, cerámicas y herramientas del tipo de utensilios cotidianos.
[5] Si bien no puede asegurarse con certeza que estos pequeños grupos de pobladores sean considerados como los antecedentes directos del Batalyós posterior fundada por Ibn Marwán en el siglo IX, sí puede decirse que tampoco es ese el primer núcleo ocupando el Cerro de la Muela y las aledañas vegas del Guadiana.
Posteriormente se consolidaron sus asentamientos, no ya como posiciones defensivas sino como zonas de vida estable que se prolongó hasta la época romana y, más tarde en las épocas medievales, árabes y cristianas.
Estos asentamientos son los siguientes, donde se pone entre paréntesis el nombre actual que corresponde con el antiguo emplazamiento: Turóbriga (Bienvenida), Miróbriga (Capilla), Nertobriga Concordia Iulia (Fregenal de la Sierra), Evandria (Talavera la Real), Arsa (Azuaga), Budúa (Bótoa), Agla (Montijo), Lycón (Lobón), Curiga (Calera de León), Fornacis (Hornachos), Armentaria Cabeza del Buey y varios más.
A la época anterior, la ibérica y solapándose con ella, le sigue la etapa prerromana que se alarga hasta los siglos II y I antes de Cristo en los cuales la romanización de la zona es prácticamente total.
Este u otro asentamiento próximo es considerado por algunos autores antiguos como el supuesto Badajoz de la época prerromana.
[8][9] Las viviendas de esta época son muy parecidas al chozo campesino tradicional, usado muy frecuentemente hasta hace algunas décadas.
Además, cuenta con una necrópolis romana e inscripciones funerarias encontradas junto a la Plaza Alta.
Ante la fuerte resistencia encontrada, los romanos envían a Sergio Sulpicio Galba, que también fue derrotado, comprobando los invasores que la mayor dureza del combate la encontraron en los íberos situados en las fértiles vegas bajas del Guadiana.
A cambio de ello se le declaraba amicus populi romani.
[12][13][14] Frente a estas hipótesis, otros autores sitúan el tratado de paz en Baccia o Batia, que luego sería Badía y posteriormente Badajoz.
[17] En este periodo de tiempo Badajoz, si es que ya existía, debía ser una modesta aldea.
Otras como la Casa de la Roma o el antiguo Pósito que se conservaron hasta fechas recientes, han desaparecido.
[20] Otra referencia tradicional alude al último obispo godo de Badajoz, Benedictus, que con sus caballeros se unió a las tropas que habían levantado en Mérida el gobernador de esa población, Conde Tendero, y su obispo Máximo, para ir en apoyo del Rey Don Rodrigo ante la entrada árabe en la península por Tarifa en el año 711.
[21] Mérida, la antigua gran urbe imperial, no aceptaba la dependencia del poder musulmán y se levantó contra él en muchas ocasiones.
El cronista Hauberto Hispalense fija la llegada de los invasores árabes a Badajoz en el año 715, quedando arrasada la pequeña ciudad visigoda, destruidas las iglesias o convertidas en mezquitas y muerte por martirio del último obispo godo, San Julián.
En este ambiente, un liberto o cliente de Al-Haken: Sapur, también llamado "el Maridi" por su conexión con Mérida se puso al frente de la Provincia emeritense y el Algarve, en la que estaba enclavado Badajoz.
[25] El persa Sapur se hizo famoso en Córdoba por su sabiduría empezando siendo un esclavo, luego camarero de la corte y, posteriormente, liberado.
[27] Dejó a Badajoz como cabeza de un reino fuerte, extenso, bien cimentado y en auge.
De esta etapa, concretamente del siglo XIII, procede la bandera de la ciudad, que en la actualidad sigue permaneciendo en vigor pues nunca se derogó, llevando dos siglos sin ser utilizada a pesar del interés popular.
Por este motivo la ciudad no cuenta con grandes edificios que perduraran en el tiempo.
En cambio, nos han legado las impresionantes murallas del complejo abaluartado de estilo Vauban que protegían la ciudad.
El segundo sitio fue realizado por las tropas aliadas y provocó la batalla de La Albuera.
En el tercer sitio, en 1812 las tropas inglesas recuperaron la ciudad, dedicándose al pillaje y saqueo descontrolado tras su toma.
A la caída del Antiguo Régimen la localidad se constituye en municipio constitucional en la región de Extremadura.
Durante las décadas siguientes, la actividad económica predominante de la ciudad pasaría del sector primario al terciario.
En 2013 se creó la Eurociudad Badajoz-Elvas para impulsar el crecimiento conjunto y compartir infraestructuras a ambos lados de La Raya.