Recibió una educación católica a pesar de que su padre simpatizaba con el luteranismo.

[1]​ Como la hija mayor del Sacro Emperador Romano, Ana era una candidata deseable para el matrimonio en las cortes europeas.

Como resultado, Felipe quedó viudo con dos hijas, Isabel Clara Eugenia y Catalina Micaela.

[2]​ La acusada consanguinidad entre los cónyuges provocó que el papa Pío V mostrara sus reservas respecto a este enlace, pero finalmente otorgó la necesaria dispensa.

Ahora que el rey Felipe había contraído matrimonio, la familia y los amigos de Floris esperaban clemencia.

Sin embargo, ella no tuvo éxito, pues Floris fue estrangulado por orden del rey.

En 1580 estaba en Badajoz, donde la corte se basó brevemente debido a la reclamación de Felipe II al trono portugués.

La infanta solo le sobrevivió por tres años a su madre, víctima de una gripe epidémica, enfermedad que previamente había padecido el rey Felipe II.

Francisco Pacheco la reflejó en el epitafio que compuso para el túmulo erigido en honor de la difunta en la Capilla Real de la Catedral de Sevilla: Debita Ulyssaeae cum sceptra reposceret urbis optimus et regum maximus Austriades, ausa nefas immane, odiis et caeca furore, restitit imoerio Lusias ora pio; haud impune, Deus nam uindice Marte cadentem rege pio indignam paene career iubet.

Ergo erat in summon discrimine turbidus orbis casurus fato, magne Philippe, tuo.

Anna, uirum non passa mori, sese obtulit ultro, uictima pro tantis quae foret una malis.

I, nunc Alcestim iacta, quando orbis uterque maximuns et tanti rex superesse dolet.