Bajo el dominio inca, los diaguitas prosiguieron con lo que antes hacían: construyeron caminos, poblados dedicados a la agricultura y los textiles, asentamientos como almacenes o colcas y refugios o tambos, fortalezas o pucarás pero bajo el dominio incaico estas obras fueron hechas en función de favorecer al núcleo inca en el Cuzco y también santuarios para la religión oficial incaica en las cumbres de las montañas llamadas por los incas (apus) en donde realizaban sacrificios humanos.
Pero en 1665 los conquistadores, que habían fundado varias ciudades a modo de cerco —la fundación de la ciudad de Jujuy cerró tal cerco por el norte—, lograron vencerlos pese a que los españoles encontraron una última resistencia en el nacido español y convertido en caudillo diaguita (o titakin) Pedro Chamijo, pero este y sus guerreros diaguitas terminaron siendo derrotados y Pedro Chamijo (también apellidado Bohorques) fue ejecutado a garrote vil en el Perú tras ser aprisionado por los españoles.
Para evitar más rebeliones, los españoles —utilizando una práctica que también habían empleado los incas— dividieron y desarraigaron a los diaguitas.
Durante el siglo XII los diaguitas son influenciados por la cultura chincha, esto implicó variaciones en su religión, arte y tradiciones conformándose una nueva etapa llamada "Clásica" o "Fase II".
La vida diaguita se mantuvo estable hasta la llegada de las tropas del Imperio incaico de Túpac Yupanqui, en 1470, bajo el mando del general Sinchi Roca, quien tenía a disposición 10 000 hombres, según lo comentado por el Inca Garcilaso.
Se observa en este valle la característica andina de subdividir el territorio en dos mitades o "sayas", llamadas Hanansaya y Hurinsaya.
Estos sucesivos aportes e intercambios comerciales de población originaron la etnia diaguita, que se convirtió en el pueblo prehispánico más avanzado de Chile y que existió entre los siglos X y XVI.
La toponimia del territorio diaguita está ocupada en su mayoría por nombres provenientes de otras culturas: quechuas, picunches o españoles.
En Argentina los diaguitas han persistido con dos identidades culturales: la llamada «diaguita-calchaquí» y la kolla —que aunque con la misma etimología es distinta de la colla boliviana—.
A partir de 1634 se ordenó la obligatoriedad del castellano en la iglesia y el gobierno.
Se componían de varias habitaciones comunicadas entre sí, con angostas puertas para su salida al exterior.
Desarrollaban sus actividades en poblados como Quilmes, La Paya, Tolombón, los que tenían un espacio fortificado pucará para defenderse de los ataques.
Un pueblo sedentario, organizado en tribus o clanes ayllu construidos por varias familias regidos por un jefe curaca, que podía tener más de una esposa según su condición económica.
Además, había artesanos especializados que realizaban, por ejemplo, las urnas funerarias donde los diaguitas enterraban a sus muertos.
Ella constituía su rasgo más notable,los usos que se le daban eran ceremoniales y utilitarios.
El desarrollo de la alfarería ha llevado a la clasificación en etapas: En su mayoría son escudillas (platos semiesféricos achatados) con líneas y figuras geométricas por los lados, desde simples escalas rojo-negro a rojas y negro sobre fondo blanco, divididas por una figura antropomorfa o zoomorfa.
Se observan rasgos del Complejo Las Ánimas presentes en esta primera fase de transición.
Platos con borde cilíndrico ascendente, el cual puede abrirse a medida que aumenta la altura.
La metalurgia se enriquece con aportes andinos como cinceles, tumis (cuchillos semilunares) y topus (prendedores), por lo general, de cobre o bronce, el oro resulta muy escaso y asociados a adornos trasportados al Cuzco.
En la mitología diaguita transculturada tras la invasión inca, entre las divinidades y seres mitológicos más importantes, se encuentran al Llastay o Coquena, la Yacurmana, el Pujllay o Pusllay, Huayrapuca; además del Chiqui (que simboliza a la mala suerte) que es una deidad del territorio del Perú, que se arraigó entre los diaguita-calchaquíes; y de Inti y Pachamama, cuyos cultos fueron impuestos por el Imperio Inca.
También se pone coca, yicta, alcohol, vino, cigarros y chicha para carar (alimentar) a la Pachamama.
Llevaba una singular ofrenda destinada al gobernante: tres gotas de sangre petrificadas, el precioso hallazgo fue recibido con mucha emotividad.
Un día el invencible guerrero Tupac Canqui se atrevió a ingresar al sagrado templo, desafiando la tradición incaica.
Ella falleció y su cuerpo fue sepultado en la alta cumbre de la montaña, él murió poco tiempo después, ahogado en su triste soledad.
Rápido salió del estupor y arrancó una de las rosas para ofrendar al rey incaico.
El jefe del imperio, aceptando con emoción la flor de la rodocrosita, perdonó a aquellos antiguos amantes furtivos.
Derrotado, terminó ahogando en chicha su soledad, hasta que luego, ya muy ebrio, lo sorprendió la muerte.
Los menhires del noroeste argentino, como otras construcciones similares son itifálicos y se asociaban con cultos estacionales de la fertilidad, estos monumentos ya eran erigidos por la precedente cultura Tafí.
Los diaguitas, mostraban una preocupación en sus entierros por una vida post mortem en la cual el alma tiene un papel primordial.
Los cuerpos eran colocados en muchas veces dentro urnas funerarias realizadas con cerámica cocida en espacios rectangulares protegidos por cinco piedras lajas en cada costado y en la parte superior.