Posteriormente se vieron enfrentados a los invasores del Cusco, "ingas orejones", que lograron anexarlos y unirles en la política colonial incaica que dictó su destierro y conversión en mit'maes del Incario.
Los tomatas habrían sido, también encomienda del conquistador y comerciante Juan Ortiz de Zárate, esto debido a la gran producción ganadera que poseía en Tarija.
La relación con los Tomatas, se da en un pleito sobre las tierras de Canasmoro, fechado en 1602, en la cual se menciona que los Tomatas, en los tiempos del adelantado Juan Ortiz de Zárate, habrían poseído una iglesia en la que oían misa, la instrucción de la fe católica debía ser otorgada, como una obligación que debían realizar los encomenderos a sus encomendados.
Cuando ocurrió la invasión inca, fueron trasladas marginalmente al Imperio Inca, fueron distribuidos como mitimaes (ciervos esclavos) a lo largo y ancho de este, en las variadas encomiendas de los curacas, los "churomatas" se expresaban en su "lengua general".
Según el cùal los indios sabían distinguir números, modos y tiempos, lastimosamente este texto se ha perdido entre los archivos.
Su idioma era tan terso y pulido, que cedía poco en la elegancia al latino, y tan copioso juntamente, que sólo para explicar el nombre de Dios tenía cuatro sinónimos.