Estos programas se enfocan al mejoramiento ambiental o habitacional, la producción de alimentos destinados al autoconsumo o comercialización, el rescate y revalorización cultural y la educación bilingüe e intercultural,[Nota 2]​ entre otros.

[6]​ A fin de alcanzar sus objetivos, el INAI suele ejecutar planes o coordinar acciones en común con otros organismos o instituciones, como el Instituto Nacional contra la Discriminación, la Xenofobia y el Racismo (INADI),[7]​ la Defensoría del Público,[8]​ o la Administración de Parques Nacionales,[9]​ entre otros.

[16]​[17]​ El INAI quedó integrado por un presidente dependiente del ministerio competente, un Consejo de Coordinación que incluye representantes elegidos por las comunidades indígenas y un Consejo Asesor técnico.

Durante 2005 se realizaron asambleas comunitarias que eligieron los primeros 80 representantes (un titular y un suplente por pueblo en cada provincia).

[19]​ Para renovar los representantes al CPI durante 2008 y 2009 se realizaron 41 asambleas comunitarias en 17 provincias: Buenos Aires, Chaco, Chubut, Entre Ríos, Jujuy, La Pampa, Mendoza, Salta, San Juan, Santa Cruz, Santa Fe, Santiago del Estero, Tucumán, Neuquén, Tierra del Fuego, Misiones y Río Negro.

Para junio de 2015 se habían relevado 647 comunidades indígenas y 6 999 443 hectáreas, lo que equivalía a un 67% del total estimado.