El primer titular fue Eduardo Rabossi, quien provenía de la Asamblea Permanente por los Derechos Humanos.

[2]​ En 1996 el área se convirtió en la Subsecretaría de Derechos Humanos y Sociales.

Durante este período, el organismo crece, superando los 1000 empleados e incorporando temáticas y responsabilidades.

[2]​ Su sucesor en el cargo fue Martín Fresneda, hijo de desaparecidos, quien incorpora temáticas como los asuntos indígenas.

[9]​ Allí funcionó durante la última dictadura cívico-militar un centro clandestino de detención, tortura y exterminio.