Su función se vio rápidamente superada ante las denuncias sobre robo, tráfico de menores, despojo a madres en situaciones límites y adultos con su identidad vulnerada.

El objetivo inicial se amplió por ser el único ámbito del Estado Nacional especializado y dedicado a la temática de garantizar el derecho a la identidad.

[1]​ Una de las razones por las cuales se impulsó la derogación es porque la UEI no respetaba el Sistema de Gobierno Republicano: llevaba a cabo funciones propias del Poder Judicial desde el Poder Ejecutivo.

Posteriormente, la resolución 1392/98 del Ministerio del Interior crea la Comisión Nacional por el Derecho a la Identidad, con las mismas funciones y conservando la conformación de la comisión precedente, esto es: El artículo 5º de dicha resolución autoriza a la Comisión a requerir colaboración y asesoramiento del Banco Nacional de Datos Genéticos y solicitar a dicho Banco la realización de pericias genéticas.

En septiembre del año 2001 se sanciona la Ley 25.457, por la que el Parlamento refuerza la jerarquía de la Comisión Nacional por el Derecho a la Identidad del Ministerio de Justicia y Derechos Humanos.