Ocuparon los fértiles valles de Famatina, Sanagasta, Yacampis, Guandacol y Jáchal.
Hacia 1480 el Imperio incaico invadió la región de los diaguitas y capayanes, incorporando sus territorios al Tahuantinsuyu.
Los capayanes participaron del levantamiento general de 1632 junto con los olongastas y los demás diaguitas.
Tras la sofocación del levantamiento los capayanes fueron en parte trasladados a Chile y comenzó su asimilación, mestizaje y posterior extinción a fines del siglo XVIII.
A diferencia de lo que sucede en el caso huarpe, apelativo que tiene numerosas referencias a la existencia étnica precolonial, en el caso capayán, las identificaciones de los capayanes solamente fueron invocadas en las representaciones coloniales y científicas sin llegar a ser enteramente adoptadas por los sectores subalternos interpelados históricamente de esta manera.