Encabezó el movimiento de resistencia nativa, aliándose con los grupos indígenas que hoy comprenden la región denominada por su nombre: Valles Calchaquíes, rebelión que se extendería desde Charcas (hoy Sucre, Bolivia) hasta Cuyo.

Su centro de operaciones fue Tolombón, allí armó la primera rebelión contra las fuerzas conquistadoras entre 1560 y 1563.

En 1562 destruyendo las tres ciudades más importantes de la época: Londres (Catamarca), Córdoba de Calchaquí (Salta) y Cañete (Tucumán).

Juan Calchaquí fue tomado como prisionero, y utilizado para obtener rehenes españoles.

Pronto otros caciques, entre los que se destacaron Viltipoco y Juan Chalimín, continuaron su empeño hasta que fueron también derrotados.