Fue capitán de la selección chilena, siendo, hasta 2017, el máximo goleador con la que marcó 45 goles, 37 de manera absoluta (4 en Copas del Mundo, 18 en procesos clasificatorios a Copas del Mundo y 15 en amistosos)[10] y 8 con la selección olímpica.[14] En 2013 fue escogido el «7.º mejor futbolista sudamericano zurdo de la historia» (revista Bleacher Report).Su carrera en la selección nacional se vio coronada con la participación en la Copa Mundial de Fútbol de 1998, donde anotó cuatro goles, y en la fase clasificatoria previa, donde convirtió once anotaciones formando la dupla conocida como «Sa-Za» con Iván Zamorano.[23][24] Además, un par de veces las comparaciones fueron con Diego Maradona, Pelé y Gerd Müller.[32] Es el tercer goleador en etapas formativas del club Universidad de Chile junto a Omar Díaz con 118 conquistas en 8 torneos disputados, atrás de Leonel Sánchez y Jorge Socías.Asimismo, fue en esta época cuando patentó su particular forma de celebrar los goles: hincaba una pierna, agachaba la cabeza, estiraba su brazo derecho y apuntaba con el dedo índice hacia el cielo.Además, fue elegido el Mejor Futbolista de la temporada en Argentina y Futbolista sudamericano del año en 1997, superando al peruano Nolberto Solano y al paraguayo José Luis Chilavert.[48][49] estuvo en negociaciones con el Real Madrid para convertirse, junto con Zinedine Zidane, en uno de los dos grandes fichajes merengues del año 2001.En la Juve compartió camarín con jugadores de clase mundial como Gianluigi Buffon, Lilian Thuram, Pavel Nedved (excompañero suyo en la Lazio), David Trezeguet, Edgar Davids y Alessandro Del Piero, entre otros.Sin embargo, su estancia en Turín se truncó debido a una rotura de ligamentos en la rodilla derecha ante el Bolonia FC en un partido válido por la Serie A,[53] pero eso no evitó que marcara goles importantes por la Vecchia Signora.En este torneo, Salas participó en solo 4 partidos y anotó un gol ante el Dinamo de Kiev, donde la Juventus ganó por 2-1.Tras su retorno al cuadro millonario, la tradicional hinchada Los Borrachos del Tablón, sacó afiches y estampitas-fixture con la imagen de "San Matador" en alusión a Salas[63] Así mismo, le dedicaron cánticos que decía: "Miren, miren que locura, miren, miren que emoción, ese es el chileno Salas que volvió a River para ser campeón"[64][65] Participó en la Copa Sudamericana de ese año, pero no pudo impedir la derrota de su equipo en la final ante Cienciano de Perú, pese a haber marcado el gol del empate 3-3 en el partido de ida.Sin embargo, posteriormente logra un nuevo título: el torneo de Clausura 2004, esta vez siendo dirigido por Leonardo Astrada.Un plantel que, entre otros, incluía a Fernando Cavenaghi, Javier Mascherano, Lucho González, Maxi López, Franco Costanzo, Marcelo Gallardo y el mismo Daniel Montenegro.Marcelo Salas es uno de los máximos ídolos de la hinchada millonaria, junto a Ángel Labruna, Enzo Francescoli, Ariel Ortega, Ramón Ángel Díaz, Norberto Alonso, Ubaldo Fillol, Amadeo Carrizo, entre otros.[70] Dejando para el recuerdo 157 goles en torneos oficiales de Primera División y 262 goles como futbolista profesional; 113 en la Universidad de Chile, 48 en River Plate, 49 en la Lazio, 4 en la Juventus y 37 en la Selección Chilena.En el encuentro participaron figuras como Enzo Francescoli, David Trezeguet, Paolo Montero, Ariel Ortega, Leonardo Rodríguez, Luis Musrri, David Pizarro, José Luis Sierra, Esteban Valencia, Eduardo Berizzo, Iván Zamorano, entre otros.El público asistente fue cercano a los 70 mil espectadores, y fue transmitido por televisión abierta.[71][72] Para las estadísticas, Salas ganó el título nacional en las tres ligas y cada equipo donde jugó.Este último conservará el nombre, más las instalaciones serán de Unión.Ante Perú, se convirtió en el futbolista chileno más joven en portar la cinta de capitán, con tan sólo 22 años.Con este gol acabó su sequía goleadora en la Selección, que se remontaba a 2001.La siguiente tabla detalla los encuentros disputados y los goles marcados por Salas en la selección chilena absoluta.[162] Así mismo, en el año 2009, en la inauguración del museo del club argentino, los goles de Marcelo Salas aparecen retratados en vídeos e imágenes (los goles de los títulos del Apertura 1996, Clausura 1997, Apertura 1997, Supercopa Sudamericana 1997, entre otros), además de las camisetas y botines que usó Marcelo Salas mientras jugó en River Plate.
