Debutó ese mismo año en la segunda categoría profesional chilena.

Cuatro años después re-postula y vuelve a participar en la Segunda División.

En 1994, el club clasifica a la Liguilla de promoción, pero no logra derrotar a Coquimbo Unido, por lo que no consigue el ascenso y se mantiene en Segunda para la próxima temporada.

El partido de vuelta, jugado en San Fernando, fue un empate 1-1, resultado que envió a los ariqueños a Primera B.Tras esto el equipo solo fue protagonista el año siguiente y de ahí hasta 6 años más tarde.

Con Raúl González en la banca, Colchagua CD realizó una gran campaña en el torneo de Tercera A 2014, y se coronó campeón de la categoría por tercera vez en su historia, subiendo así al fútbol profesional (en este caso a la Segunda División Profesional), luego de 15 años consecutivos en el balompié amateur.