Se produjeron también dos descensos por el sistema de promedios a la Primera B Nacional, y se determinaron además a los dos equipos que disputaron la promoción.
Cada fase del campeonato fue un torneo independiente, llamados respectivamente Apertura y Clausura.
Los 4 primeros, que clasificaron a la segunda fase, fueron para el campeón del Torneo Apertura 2003, el campeón del Torneo Clausura 2004, y los 2 equipos mejor ubicados en esta tabla.
El cupo restante, que clasificó a la primera fase, fue para el tercero mejor ubicado de esta tabla.
Por primera vez en la historia de la Primera División de Argentina, al finalizar la temporada se produjo el descenso de cuatro equipos, ya que Chacarita Juniors y Nueva Chicago descendieron directamente a la Primera B Nacional, mientras que Atlético de Rafaela y Talleres (C) fueron derrotados en sus respectivas promociones y también perdieron la categoría.