El Campeonato de Primera D 2003-04 fue la quincuagésima cuarta edición del torneo.

El torneo fue disputado por 18 equipos, que se dividieron en dos zonas: Norte y Sur.

El campeón fue Barracas Bolívar, equipo que había modificado su denominación original antes del comienzo de la temporada,[1]​ al vencer en la final a Fénix, que luego perdió la promoción ante Ituzaingó y no logró subir de categoría.

Ambas zonas disputaron 3 rondas todos contra todos con localías similares en la primera y la tercera ronda y con las localías invertidas en la segunda dando un total de 27 fechas.

Los cuatro primeros de cada zona jugaron un octogonal cuyo ganador ascendió directamente a la Primera C, mientras que el perdedor disputó la promoción contra un equipo de dicha categoría en busca del segundo ascenso Al final de la temporada, el equipo con el peor promedio fue suspendido en su afiliación por un año.