También hay cierta enemistad con su vecino, Club Villa Dálmine, pero dada la diferencia de categoría entre uno y otro, no se enfrentan.
[11] Bajo esa denominación fue subcampeón en el año 1988, a un punto del campeón, el equipo que formaba con: Cella, Oscar Rodríguez, Walter Montani, Julio Viso, Espíndola, Boumera, Antivero, Azcurra, Orfila, Carelli, Enriquez, Stella, Valle, Ramón Antúnez, Oscar Montori, Hugo Yedro, Sergio Garín, Ricardo Cabrera, Horacio Forgione, Mario Gómez y Daniel Firmani.
A esa final se había clasificado al consagrarse campeón invicto del Apertura 1993, con 15 victorias y 5 empates.
[15] Ese equipo era dirigido por Carlos Pérez y formaba con Fernández,"Titi" Miño, Gustavo Kerke, Julio Viso, Esteban Leyes, Javier González, "Monchi" Godoy, Roque Cabezas, "Pajarito" Suárez, Omar Díaz y Juan Cerruti.
[13] Luego de dos temporadas en que se mantuvo en la Primera C, descendió y volvió a la Primera D. En el año 2002, el club firmó un convenio de cooperación con la Liga del Fútbol Profesional Boliviano gerenciada por Milton Melgar.
Volvió en la temporada 2012-13, y nuevamente acabó último en la tabla, con lo que se consumó su desafiliación, por cuarta vez en su historia.
[17] En la siguiente fase, enfrentó a Chacarita Juniors, cayendo por 5:0, quedando afuera de la competición.
PLANTEL 2024: Facu Brito ARQ Octavio Eze López Rinaldi DEF Sgo García Venegas Vale Cr.
El año siguiente logró por primera vez un saldo positivo en victorias y diferencia de goles, finalizando en el séptimo lugar.
Para 2015 se inauguraron los descensos y Puerto Nuevo logró la permanencia en la elite al mantenerse entre los primeros diez puestos.