El Campeonato de Primera D 2008-09 fue la quincuagésima novena edición del torneo.

El campeón fue Midland, con 74 puntos que de esta manera obtuvo el ascenso a la Primera C. El campeón del Torneo Reducido fue Deportivo Riestra, que perdió luego en la Promoción frente a Defensores Unidos y no pudo lograr el ascenso.

El campeón ascendió directamente a la Primera C. Los ubicados del segundo al noveno puesto se enfrentaron en un torneo reducido, por eliminación directa, con ventaja deportiva para los mejor ubicados en la tabla final, y el ganador jugó la promoción contra el penúltimo promedio de la Primera C. Al final de la temporada, el equipo con el peor promedio fue suspendido en su afiliación por un año.

Esta promoción se definió entre Defensores Unidos (penúltimo del promedio de la Primera C) y el ganador del torneo reducido, Deportivo Riestra.

Se jugó en partidos de ida y vuelta.