Entonces Constantino convocó en 325 el Primer Concilio Ecuménico celebrado en Nicea, en el que, además de tomar decisiones doctrinales, se procedió a organizar la Iglesia en metropolitanatos y diócesis, y se les otorgó el mismo rango a las futuras sedes patriarcales de Roma, Alejandría y Antioquía, cuyos titulares recibieron el nombre de arzobispos.
El Cuarto Concilio Ecuménico celebrado en Calcedonia en 451 reconoció a Constantinopla el mismo primado de honor que a Roma y se le otorgó derechos de inspección sobre los metropolitanatos cercanos, aunque al obispo romano se le reconocía autoridad moral sobre el resto de los patriarcados,[4] quedando establecida la pentarquía.
Luego, el intento de Constantinopla por terminar con la división religiosa del Imperio aceptando el miafisismo, llevó al cisma acaciano entre Oriente y Occidente desde 482 hasta 519.
Esto llevó a una ruptura temporal de la comunión con Roma.
En 976 otro patriarcado búlgaro fue establecido en resistencia en Ohrid, pero en 1018 fue abolido y reemplazado por una arquidiócesis autocéfala que perdió su naturaleza búlgara y pasó a ser de carácter griega.
La elección del patriarca Focio llevó a un cisma con Roma desde 863 al 867.
Los otros 3 patriarcados orientales de Alejandría, Antioquia y Jerusalén se mostraron a favor del patriarca de Constantinopla y rompieron oficialmente con el papa pocos años después.
[6] En 1186 la Iglesia búlgara volvió a separarse unilateralmente del patriarcado de Constantinopla y estableció una arquidiócesis autocéfala en Tarnovo.
Los ortodoxos aceptaron que la incorporación del Filioque al credo niceno era una explicitación de la fe y no una herejía; cada Iglesia debía seguir su tradición respecto al pan fermentado o sin fermentar en la eucaristía; se aceptó la existencia del purgatorio; y la primacía del papa sobre toda la Iglesia.
[7] En rechazo a la unión, en 1448 la Iglesia ortodoxa rusa se autoproclamó autocéfala.
El patriarca fue reconocido como líder civil de los cristianos ortodoxos griegos del Imperio.
En 1517 los otomanos conquistan Damasco, Jerusalén y Alejandría, por lo que con el tiempo la autocefalia de los 3 patriarcados fue virtualmente abolida.
En 1908, se produjo la independencia de Bulgaria, que anexó territorios otomanos y expulsó a la población griega, por lo que la Iglesia búlgara anexó a los metropolitanatos dependientes del patriarcado ecuménico en esos territorios.
En 1923, un concilio ortodoxo permitió que las Iglesias autocéfalas adoptaran el calendario juliano revisado, a excepción del cálculo para la fecha de la Pascua.
Además confirmó sus intenciones de otorgar autocefalia a la Iglesia ortodoxa de Ucrania y creó una estauropegión en Kiev, es decir, un cuerpo eclesiástico subordinado directamente al patriarca ecuménico.
El sínodo existe desde antes del siglo IV y asiste al patriarca en determinados asuntos de las diócesis bajo su jurisdicción.
El Santo Sínodo al principio era un sínodo residente, compuesto del patriarca, los obispos locales y los obispos ortodoxos que estuvieran de visita en la capital imperial (Constantinopla).
Tras la caída de Constantinopla en 1453, el sínodo quedó limitado a los obispos del patriarcado.
Además del patriarca, otros 12 metropolitanos integran el Santo Sínodo.
La Iglesia ortodoxa de Constantinopla está organizada en diócesis de la siguiente manera:[8] Los Nuevos Territorios fueron parte del Imperio otomano hasta 1913, cuando pasaron a Grecia.
La Sagrada Montaña de Athos tiene 20 monasterios y depende directamente del patriarca, que designa un obispo titular con sede en el monasterio de la Gran Laura.
Tiene el mismo primado que la Iglesia ortodoxa ucraniana de los Estados Unidos.
Respecto de las demás Iglesias ortodoxas, el patriarca ecuménico tiene las siguientes prerrogativas: