[3]​ Este término se refiere a la organización administrativa de la Iglesia, encabezada por el patriarca, y a los órganos y procedimientos relacionados; si bien no se considera un sinónimo de la Iglesia ortodoxa rumana como institución.

Cuando en 1308 Carlos Roberto I ascendió al trono húngaro, intentó controlar de nuevo Moldavia y Valaquia.

Por lo que respecta a los principados de Valaquia y Moldavia, estos se asentaron como estados independientes.

En Moldavia, la mayor presencia de católicos favoreció las aspiraciones papales y el principado no consiguió que se nombrara un metropolitano hasta 1401.

Además los responsables de la diócesis estaban ausentes la mayor parte del tiempo y desconocían la lengua rumana.

Tan pronto se consagraron los dos nuevos obispos, Pedro I pidió al Patriarca de Constantinopla que nombrara a José como metropolitano.

Bajo la ocupación otomana de todos los territorios rumanos comenzaron a llegar los primeros luteranos en Sibiu[11]​[12]​ y calvinistas en Oradea.

En 1629 el príncipe falleció y lo sucedió Gregorio Rakoczy que continuó con la misma política de su predecesor.

En 1640 falleció el metropolitano y el príncipe Gregorio pensó en designar a un metropolitano que aceptara su política, pero la elección no fue fácil ya que ningún religioso ortodoxo aceptaba este juego religioso, tal como lo muestra la encarcelamiento del sucesor de Gennadi.

En abril de 1698 el emperador Leopoldo I emitió un diploma por el cual todos los clérigos ortodoxos rumanos que se pasaran a las cuatro confesiones legales recibirían todas las contraprestaciones y privilegios que los clérigos de estas confesiones gozaban, además si se convertían al catolicismo y, por tanto, reconocían la autoridad única del Papa de Roma como jefe único del cristianismo recibirían aún más privilegios.

Como la unión tenía poca aceptación Kollonitz llamó al metropolitano Atanasio en Viena donde tuvo que comparecer ante una comisión judicial.

El metropolitano se vio obligado a aceptar y acto seguido el Cardenal Kollonitz repitió su consagración sacerdotal sub conditione, además se ofreció a los seglares que aceptaran su conversión al uniatismo las mismas condiciones favorables que gozaban los católicos en la región.

[18]​[19]​ En 1744 reunió un sínodo donde amenazaba con romper con la unión si no se cumplían las promesas del emperador.

Este sínodo estuvo formado por sacerdotes, seglares e incluso miembros de la Iglesia ortodoxa siendo así más una reunión nacional que no religiosa ni uniata.

El nuevo obispo uniato, Gregorio Maior defendió firmemente esta medida, unos años después en su informe enviado al emperador José II recogía que la medida había hecho efecto, ya que la Iglesia ortodoxa había perdido unas 746 iglesias y unos 57 000 fieles.

Las reformas llevadas a cabo por José II se mantuvieron hasta el traspaso de este al año 1790.

En cuanto a Valaquia la ocupación austriaca de Oltenia del año 1718 hizo que las condiciones ortodoxas se endurezcan.

En los años posteriores tanto Moldavia como Valaquia tuvieron que sufrir la ocupación militar de los rusos, pero estos al ser también ortodoxos no hicieron sino asentar esta confesión en la región.

Por otro lado tanto los británicos como los franceses y los otomanos formaron una coalición para hacer frente a los rusos.

Al año siguiente se firmaron los Tratados de París (1856) entre los rusos, los otomanos, los británicos y los franceses.

Con el Tratado de Berlín (1878) se ponía fin a este conflicto y Rumanía veía como se reconocía su independencia como Principado respecto al imperio Otomano, aunque debía ceder una parte de Moldavia, Besarabia y Bucovina para los rusos, al tiempo que recibía la Dobrudja meridional.

Rumania, que había entrado en conflicto europeo con los aliados, pudo ver reconocidos sus derechos sobre Transilvania.

El principal reto para el Estado rumano era el de articular en una única Iglesia ortodoxa nacional las tres Iglesias, lo que no era fácil, ya que las tres habían tenido sus propias estructuras y dinámicas diferenciadas desde su creación y no estaba tan claro que se quisiera renunciar a este aspecto en beneficio de una Iglesia unificada y nacional.

Así se culminaba el proceso iniciado ya en los tiempos inmemorables los siglos de la Edad Media donde los rumanos aspiraban a tener un patriarca que representara su nación.

Ion Antonescu, que se autodenominó caudillo (en rumano: conducător), proclamó el Estado legionario con la intención de conseguir recuperar los territorios ocupados por la Unión Soviética, llevó Rumanía a la Segunda Guerra Mundial al lado de Alemania e Italia (junio 1941).

Con la firma de este tratado Rumania recuperaba Transilvania, pero renunciaba a Besarabia, Bucovina y la Dobrudja meridional.

Este se puso enseguida a organizar la Iglesia Ortodoxa Rumana y conseguir por la misma un nuevo estatuto.

Los seis obispos uniatos fueron detenidos, cuatro de ellos murieron en prisión y los otros hasta el año 1960 permanecieron encarcelados.

También se desplazaron de su ubicación original iglesias para construir en su lugar edificios o fábricas.

En 1991 recibió la dignidad de Cardenal y tres años más tarde renunció a sus responsabilidades, ya que estaba enfermo.