[2] En la época Clásica Hierapitna se convirtió en la ciudad más importante del este de Creta.
En el año 140 a. C., participaron en una guerra en alianza con Gortina contra Cnosos y sus aliados, en la que los hierapitnios arrasaron la ciudad de Praso.
La fortaleza, construida en los años del dominio veneciano y consolidada por Francesco Morosini en 1626[8] para proteger el puerto, es un remanente de este período, aunque un mito local diga que fue construida por el pirata Genovese Pescatore en el año 1212.
En el año 2012 Ierápetra recibió el premio QualityCoast de oro por sus esfuerzos por convertirse en un destino turístico sostenible.
Gracias a este premio Ierápetra ha sido seleccionada para ser incluida en el atlas global del turismo sostenible, DestiNet.