Esta colección empezó a formarse a finales del siglo XIX, con el propósito de preservar hallazgos arqueológicos de la zona.
Comprende una serie de objetos que abarcan periodos comprendidos entre el tercer milenio a. C. y el siglo V d. C. Entre los objetos que alberga se encuentran estatuas, cerámica, monedas e inscripciones.
Del periodo minoico tardío, en concreto de la segunda mitad del siglo XV a. C., sobresale un sarcófago hallado en Episkopí cuyas superficies están decoradas.
Del periodo helenístico es destacable una columna con una inscripción de un tratado entre Hierapitna (nombre antiguo de Yerápetra) y el rey de Macedonia Antígono.
Del periodo romano destaca una estatua de Perséfone del siglo II.