Durante los aproximadamente dos años que permaneció en Patmos, la tradición cristiana afirma que el Apocalipsis fue revelado por el Espíritu Santo a Juan dentro de la gruta del Apocalipsis.
Durante los primeros siglos Patmos era parte del metropolitanato de Rodas.
En el siglo IV un templo dedicado a Artemisa fue demolido y se construyó una iglesia real cristiana primitiva en su lugar.
El historiador Orlando informa que entre los siglos VIII y X esta basílica fue destruida y debido a su incapacidad para reconstruirla, se construyó un nadir dedicado a Juan el Teólogo.
En el siglo XI Cristódulos de Patmos, líder de la gran comunidad monástica del monte Letonia, se vio obligado a abandonar el monte debido a las invasiones árabes.
En abril de 1088 el emperador Alejo I Comneno dictó un edicto creando un monasterio autónomo en Patmos, incluyendo las cercanas islas de Lipsí, Hornos, Arkoi, Agatonisi y Levita.
Así, en 1207 cuando Patmos pasó a los venecianos, se emitió una bula papal con disciplinas para el monasterio, que logró mantenerse bajo protección del Imperio de Nicea.
Los trabajadores regresaron a la isla y pronto desarrollaron una importante actividad comercial.
Se cree que fue en el siglo XVI que el sistema de conventos del monasterio cambió a uno peculiar, permitiendo a los monjes vivir y trabajar individualmente.
La prosperidad de Patmos resultó gravemente herida en 1659, cuando, durante la 5ª guerra veneciana-turca, el almirante veneciano Morosini atacó la isla causando grandes daños al asentamiento de Chora, pero dejando el gran monasterio casi intacto.
En 1715 el patriarcado ecuménico otorgó al abad del monasterio de San Juan el privilegio de exarca patriarcal, permitiéndole administrar la Iglesia local como obispo en nombre del patriarca ecuménico.
Los habitantes de Patmos comenzaron a emigrar, la escuela Patmia fue abandonada y el monasterio se estaba desvaneciendo.
En Patmos, este trabajo fue realizado por el antiguo abad del gran monasterio, Amphilochios Makris, ya que en 1937 fundó el monasterio de mujeres de la Anunciación, que sirvió como escuela secreta.