El metropolitanato de Cidonie (en griego: Ιερά Μητρόπολη Κυδωνιών) es una diócesis de la Iglesia ortodoxa perteneciente al patriarcado de Constantinopla, cuya sede estaba en Cidonie (hoy llamada Ayvalık) en Turquía.
El territorio del metropolitanato se encuentra en la provincia de Balıkesir.
[1] Además de Ayvalık, otras localidades del metropolitanato son Gömeç y Altınova.
Cidonie fue fundada circa 1600 en las ruinas de la antigua Kysthini.
La mayoría de la población masculina adulta griega fue ejecutada y al resto de la población se les permitió huir en barco a Grecia.