El territorio del metropolitanato está formado por dos secciones separadas que se encuentran en las provincias de Esmirna, Aydın y Manisa.

[1]​ Además de Kuşadası, otras localidades del metropolitanato son: Kemalpaşa, Turgutlu, Menemen, Foça, Yenifoça, Akhisar (la antigua Tiatira), Kırkağaç y Soma.

La tradición bizantina siempre ha reconocido y mostrado la tumba del apóstol en Éfeso, sobre la cual se construyó una basílica monumental.

Se desconoce la relación entre Pablo y Juan con la primera comunidad cristiana de la ciudad.

En el Concilio de Calcedonia en 451, 39 obispos firmaron las actas después del metropolitano Basiano.

[3]​ En la primera Notitia Episcopatuum conocida, atribuida al pseudo-Epifanio y datada a mediados del siglo VII, la sede de Éfeso aparece en el segundo lugar en el orden jerárquico de las metrópolis del patriarcado de Constantinopla, después de Cesarea de Capadocia, con 36 diócesis sufragáneas: Hypepa, Tralle, Magnesia en el Meandro, Elaia, Adramitio, Asso, Gargara, Mastaura, Caloe, Briula, Pitane, Mirina, Foca, Aureliópolis, Nisa de Asia, Maschakomeis, Metrópolis, Bareta, Magnesia y Anelion, Anineta, Pérgamo, Priene, Arcadiópolis, Anea, Dioshieron, Euaza, Sieis, Kolophone, Lebedo, Teos, Eritre, Eklyzomenina, Antandro, Teodosiópolis, Perpereno, Cime, Paleópolis.

[4]​ Durante el Concilio de Nicea II en 787, 31 obispos firmaron las actas después del metropolitano Juan III.

[7]​ En la época del patriarca Nicolás I Místico, se le atribuyen cuatro sufragáneas, todas tomadas de la provincia eclesiástica de Éfeso: Phocea, Magnesia, Clazomene y Arcángel.

El siglo VI está marcado por la presencia de dos importantes obispos: Hipatio (519-circa 540/541), particularmente activo en la lucha contra el monofisismo y Juan (circa 558-circa 588), obispo jacobita e historiador bizantino.

Mateo debió esperar 10 años para que los emires locales le permitieran ingresar a la ciudad y usar una capilla como su nueva catedral, pues todas las iglesias habían sido convertidas en mezquitas.

En 1387 la pequeña comunidad no podía mantener ni siquiera a un sacerdote y como resultado, al metropolitano se le concedieron las sedes de Pérgamo, Clazomenae y Nueva Foça.

Ya en el siglo VIII/IX, se había construido una ciudadela fortificada cerca de la antigua ciudad costera, Aya Solouk (hoy Selçuk), un nombre derivado del griego Hagios Theologos ('Santo Teólogo'), en referencia al apóstol y evangelista Juan.

[11]​ En 1402 Éfeso fue destruida por los ejércitos de Tamerlán, por lo que fue abandonada y los metropolitanos se mudaron a Nea Ephesos ('Nueva Éfeso', hoy Kuşadası), a 10 km al suroeste del centro antiguo.

En ese momento, tras el aumento del elemento ortodoxo griego en Anatolia, se erigieron nuevas diócesis, lo que redujo el área de competencia de los metropolitanos efesios.

Las 3 diócesis fueron sufragáneas de Éfeso hasta que en el siglo XX pasaron a ser metropolitanatos, en 1901, 1903 y 1917 respectivamente.

Posteriormente el metropolitanato ha estado vacante en 4 largos períodos, con solo la designación de 3 metropolitanos titulares.