Aunque 1054 se indica normalmente como el año del cisma, fue en realidad el resultado de un largo período de distanciamiento progresivo teológico y político entre las dos ramas eclesiales que subsiste hasta la actualidad.

El historiador Axel Bayer afirma que la legación fue enviada en respuesta a dos cartas, una del emperador solicitando ayuda para organizar una campaña militar conjunta del oriente y el occidente contra los normandos, y la otra de Cerulario.

[18]​ La Iglesia del primer milenio estaba dividida en líneas doctrinales, teológicas, lingüísticas, políticas y geográficas.

Esta percepción jugó un papel fundamental poco más de un siglo después, con motivo del Gran Cisma.

Jaroslav Pelikan subraya que "aunque el cisma entre Oriente y Occidente se derivó en gran medida de la discordia política y eclesiástica, esta discordia también reflejaba diferencias teológicas básicas".

[19]​ Philip Sherrard, un teólogo ortodoxo oriental, afirma que la causa subyacente del cisma Oriente-Occidente fue y sigue siendo "el choque de estas dos eclesiologías fundamentalmente irreconciliables."

Haight caracteriza la diferencia en eclesiologías como "el contraste entre un papa con jurisdicción universal y una combinación de la superestructura patriarcal con una eclesiología de comunión episcopal y sinodal análoga a la que se encuentra en Cipriano"[20]​.

Sin embargo, Nicholas Afansiev ha criticado tanto a la Iglesia católica como a la ortodoxa por "suscribir la eclesiología universal de San Cipriano de Cartago según la cual sólo puede existir una Iglesia verdadera y universal".

[21]​ Otro punto de controversia fue el celibato entre los sacerdotes occidentales (tanto monásticos como parroquiales), frente a la disciplina oriental por la que los párrocos podían ser hombres casados.

En la práctica, esto ha provocado a veces divisiones entre las iglesias ortodoxas griega, rusa, búlgara y ucraniana, ya que ninguna autoridad central puede servir de árbitro en diversas disputas internas.

A partir de la segunda mitad del siglo XX, la eclesiología eucarística es defendida por teólogos católicos.

[31]​ La eclesiología eucarística llevó al concilio a "afirmar el significado teológico de la Iglesia local.

La política iconoclasta impuesta por una serie de decretos del emperador León III el Isáurico en 726-729 fue resistida en Occidente, dando lugar a fricciones que terminaron en 787, cuando el Segundo Concilio de Nicea reafirmó que las imágenes deben ser veneradas pero no adoradas.

Los Libri Carolini, encargados por Carlomagno, criticaron lo que una traducción defectuosa dio como decisión del concilio, pero sus objeciones fueron rebatidas por el papa Adriano I.

De hecho, esto contrasta con los católicos, que generalmente no consideran heréticos a los ortodoxos y hablan en cambio del "cisma" oriental.

[Nota 3]​ Los cristianos de estos grupos suelen incluirlo al recitar el Credo Niceno.

[61]​ De hecho, la Iglesia católica no añade la frase correspondiente a Filioque (καὶ τοῦ Υἱοῦ) al texto griego del Credo, ni siquiera en la liturgia para rito latino.

El papa, necesitado del apoyo militar del emperador, accedió a su petición y lo hizo según la praxis vigente por entonces en Europa: de este modo, por primera vez en la historia, el Filioque se usó en Roma.

Según cuenta el historiador Rodolfo Glabro, la Iglesia griega quería, en aquellos primeros años del milenio, encontrar una especie de entendimiento con la Iglesia latina, de manera que «con el consenso del Romano Pontífice la Iglesia de Constantinopla fuese declarada y considerada universal en su propia esfera, así como Roma en el mundo entero».

Focio comenzó a entrar en desacuerdo con el papa Nicolás I y recibió la entronización.

Hay muchas perspectivas y opiniones referentes a la vida de dicho Obispo, tanto en pro como en su contra.

[67]​ Poco tiempo antes de la muerte del patriarca Ignacio, este había abogado para que Focio fuera restituido como su sucesor después de su segundo período, manifestando su alta estima y favor por este.

En todo caso, en su segundo período, obtuvo el reconocimiento formal del mundo cristiano en un concilio convocado en Constantinopla en noviembre de 879.

Los delegados papales negaron, a su llegada a Constantinopla, el título de ecuménico (autoridad suprema) al patriarca Miguel I Cerulario y, además, pusieron en duda la legitimidad de su elevación al patriarcado.

Alegaba que, en el momento de la excomunión, León IX había muerto y por lo tanto el acto excomunicatorio del cardenal de Silva no habría tenido validez; añadía también que se excomulgaron individuos, no Iglesias.

Este tema lleva a interpretaciones contradictorias sobre lo que viene a ser "la sagrada tradición apostólica" y "las santas escrituras": los patriarcas y primados, en comunión plena con estos, alegaban que el Obispo de Roma solo podía ser un "primero entre sus iguales" o "Primus inter pares", dejando a la voluntad de Jesucristo la primacía infalible en toda la Iglesia y negaban toda estructura piramidal sobre las Iglesias hermanas.

Estas comunidades ahora se llaman Iglesias orientales católicas o uniatas (término despectivo con el que los ortodoxos señalan a quienes se han sometido a Roma, aceptando su controvertida primacía jurisdiccional).

Seis de ellas son patriarcales; el gobierno y el cuidado pastoral del papa sobre todas ellas lo realiza a través de la Congregación para las Iglesias Orientales (Congregatio pro Ecclesiis Orientalibus).

Constantinopla se convirtió en el principal patriarcado del Oriente cristiano, émulo del pontificado romano, estrechamente vinculado al Imperio de Bizancio, mientras que Roma se alejaba cada vez más de este y buscaba su protección en los emperadores francos o germánicos.