En el año 50 Bernabé regresó a Chipre acompañado por Marcos y estableció su base en Salamina.Hacia finales del siglo IV el cristianismo se había extendido por toda la isla y en la carta sinodal de Teófilo se mencionan 15 diócesis en Chipre: Constanza o Salamina (arquidiócesis), Citio (o Kition), Amatunte, Neápolis, Curio, Pafos, Arsinoe, Solos, Lapithos, Kyrenia, Tamasos, Ledra, Chitri, Tremitunte y Karpasia.La victoria final del emperador bizantino Nicéforo II Focas (963-969) sobre los árabes inauguró un período de paz durante el cual se reconstruyeron iglesias y monasterios.La isla fue conquistada en 1191 por Isaac Ducas Comneno, un gobernador local que se proclamó emperador y reclamó el Imperio de Constantinopla.La población minoritaria católica se agrupó en algunas ciudades costeras, como Famagusta y en Nicosia, la capital.La Iglesia ortodoxa chipriota permaneció en la isla, aunque perdió bastante poder y se vio forzada a ponerse bajo la autoridad del nuevo arzobispo latino de Chipre.Por esta razón el papa Honorio III insistió en la sumisión en Chipre de las jerarquías griega, melquita, maronita, nestoriana y jacobita.Se les permitió ser elegidos de la forma tradicional, y luego debían jurar obediencia a sus superiores latinos.[9] A pesar de las fricciones iniciales, las dos Iglesias gradualmente lograron coexistir pacíficamente, conservando los ortodoxos sus ritos y tradiciones bajo supervisión latina.Varias órdenes monásticas occidentales fundaron casas en la isla, a menudo beneficiadas por la sistemática confiscación de las propiedades eclesiásticas ortodoxas.Los otomanos acabaron con el sistema social feudal, asesinaron o desterraron a la jerarquía latina, destruyeron o confiscaron las iglesias, restablecieron a la ortodoxa como la única Iglesia cristiana legal y comenzaron la conversión de parte de la población al islam.Durante los primeros años del dominio otomano, tampoco hubo diócesis designadas o un número fijo de diócesis, ya que esto se estableció a mediados del siglo XVII, cuando se determinaron las relaciones entre el arzobispo y los metropolitanos.Por tal razón, cuando la revolución griega estalló en 1821, los obispos chipriotas fueron considerados simpatizantes de la causa griega por lo que, ese mismo año, fueron convocados todos los obispos de Chipre, así como muchos otros clérigos prominentes al palacio del gobernador para discutir la nueva situación, pero fueron arrestados.Los líderes religiosos ortodoxos estaban envueltos en este movimiento, siguiendo su papel tradicional en los asuntos políticos.Se destruyeron muchas iglesias y monasterios en la región norte de la isla o fueron saqueadas durante el conflicto.Su tarea es examinar y proporcionar soluciones en todos los asuntos relacionados con la Iglesia de Chipre.Sus catorce diócesis fueron reducidas a cuatro hasta la conquista otomana en 1571, cuando estos, por razones administrativas, restauraron todos sus privilegios y derechos anteriores.
