El término Panagía significa toda santidad y es empleado en reverencia de la Virgen María.

Según la postura más aceptada, se debería al nombre del kokkos, un arbusto encontrado en el área.

En su interior se encuentran numerosos frescos e íconos de estilo bizantino.

Se le ha atribuido a San Lucas,[1]​ y fue un regalo del emperador Alejo I Comneno.

El monje ucraniano Vasil Grigoróvich-Barski, quien visitó el monasterio en 1735, escribió que los monjes descubrían la imagen solo en períodos de sequía y que luego la pintura era trasladada al Throni (pequeño trono), donde ellos cantaban el "Paraklesis" (canto de petición a la Theotokos).

La nave del medio está dedicada a la Virgen María, el pasillo derecho a Todos los Santos (Agiotis Pantes) y el izquierdo los arcángeles Gabriel y Miguel (Archangelous Gavreil ke Mihail).

Luego de andar un largo tiempo, encontró un viejo ermitaño llamado Isaías, a quien maltrató por su condición.

Consideró que sería imposible persuadir al emperador de Bizancio, Alejo I Comneno.

Otras antiguas referencias son de carácter indirecto pero dejan entrever la importancia e influencia espiritual que el monasterio tenía en la isla.

Pobladores locales también hicieron contribuciones, y el monasterio se terminó en seis meses.

A pesar de que muchos de los trabajos se han perdido, su influencia puede verse en los íconos pintados entre los siglos XIII y XV, existentes tanto en Chipre como en otras partes del mundo.

Durante el dominio otomano, el monasterio dio refugio a los cristianos en muchas de sus dependencias (metochia) a lo largo de toda la isla, siendo los más importantes el Archangelos en Lakatamia, Agios Procopios en Engomi, Xeropatamia en Pentagia y Agias Monis en Pafos.

Se debe hacer especial atención a tres personalidades del monasterio del siglo XVIII: Epherem el Ateniense, que escribió la historia del Monasterio que fue publicada en Venecia en 1751 por el Protosynkelos (vicario) de Kikkos, Sreaphim Pissidio y el Archimandrita Kiprianos que publicó su Historia de Chipre en 1788, la cual es la única fuente primaria de información relacionada al período del dominio turco.

Detrás de todas estas actividades estaba la hermandad del monasterio que, según varias fuentes, tenía unos 200 monjes en 1678, 400 en 1683, 70 en 1738, 60 en 1745 y 180 a inicios del siglo XIX.

Los bienes, durante el período turco, fueron adquiridos a través del trabajo de los monjes.

Las actividades económicas del monasterio algunas veces adquirió dimensiones nacionales debido a que el futuro de los chipriotas estaba relacionado con su fe religiosa, cuyo exponente era la Iglesia Ortodoxa.

El Santo Monasterio de Kikkos pagó la deuda en nombre del arzobispo sumando este establecimiento a sus propiedades.

Durante el período de dominación turca, el monasterio de Kikkos fue robado y saqueado varias veces, especialmente durante la Revolución Griega.

Sin embargo, el Monasterio de Kikkos se las ingenió para reorganizarse y volver a su esplendor al fin del presente período y al inicio del Británico.

Durante este período, el monasterio de Kikkos continuó con sus actividades sociales, culturales, nacionales y espirituales.

Algunos miembros del monasterio, tales como los abates Gerasimos y Kleopas, representaron al pueblo y lucharon por la mejora de las condiciones de vida en el Consejo Legislativo, un cuerpo establecido en 1882.

La tumba de Makarios III (1913-1977) se encuentra próxima al Throni.

Al mismo tiempo, el monasterio continúa con sus actividades sociales y humanitarias.

Desde fines de los años 1980, el abad Nikiforos ha realizado un importante esfuerzo para renovar la parte central del monasterio.

Además se han efectuado trabajos en Agia Moni, Archangelos, en Sindi y en la villa de Polemi.