En 1843 participó en la «Revolución Reformista» contra el Gobierno del presidente haitiano Jean-Pierre Boyer en favor de Charles Rivière-Hérard.
Duarte vivió exiliado en Venezuela debido a los conflictos políticos y militares que existían en la República Dominicana, los cuales constituían un serio peligro para su vida.
Duarte, aunque no muy de acuerdo con la misión, regresa a Caracas y cumple hasta donde le es posible.
En 1819, Duarte se inscribió en la escuela de Manuel Aybar donde aprendió lectura, escritura, gramática y aritmética.
La ocupación provocó el debilitamiento de la élite provincial y los sectores burgueses que entraron en componenda con las autoridades haitianas se constituyeron en la nueva clase dominante.
Algunos de sus primeros miembros incluyeron: Juan Isidro Pérez de la Paz, Pedro Alejandro Pina García, Jacinto de la Concha, Félix María Ruiz, José María Serra, Benito González Jiménez, Felipe Benicio Alfau y Bustamante y Juan Nepomuceno Ravelo (más adelante se unirían Francisco del Rosario Sánchez y Ramón Matías Mella Castillo, adquiriendo un rol protagónico junto a Duarte).
Luego de varios intentos fallidos, los trinitarios no se sentían conformes y fundaron La Dramática.
[7] En abril, por orden del general Desgrotte, nuevo comandante de Santo Domingo, se constituyó la Junta Popular de Santo Domingo presidida por el haitiano Alcius Ponthieux e integrada por Duarte, Mella, Pedro Alejandro Pina, Manuel José Jimenes González y el haitiano Jean Baptiste Morin.
[7] Sin embargo, Ramón Santana expresó su preferencia de que su hermano Pedro Santaa Familias asumiera el liderazgo.
En medio del entusiasmo, se dedicaron a deponer a los comandantes militares haitianos en los pueblos del interior, en tanto que muchos hablaban abiertamente de que el próximo paso sería la separación de Haití.
Para dicha misión fue encomendado Duarte, saliendo al día siguiente acompañado del coronel Pina, jefe de su Estado Mayor.
[7] El 23 de marzo, en Sabana Buey (Baní), tuvo lugar la entrevista entre Duarte y Pedro Santana.
Mella comunicaría en una carta a Sánchez: «Llegó mi deseado y se lo devolveré Presidente de la República Dominicana».
Sánchez le expresaría a Mella: «los febreristas no deberemos dar el triste ejemplo de semejantes exaltaciones tumultuarias, como quiera que con ello se entronizaría la anarquía».
El respaldo que Duarte recibió en el Cibao le fue retirado después que Mella abandonó Santiago; la Junta destituyó a Mella como comandante en jefe del departamento de Santiago y a Duarte como su delegado.
El 22 de agosto, la Junta declararía como «traidores e infieles a la Patria» a Duarte, Mella, Sánchez, Pina, Pérez, el capitán venezolano Juan José Illas, los coroneles Gregorio del Valle y Juan Evangelista Jiménez, siendo destituidos de los cargos que ejercían y condenados al destierro perpetuo.
Por esos años del exilio, el entonces presidente dominicano Jimenes decretaría en 1848 una amnistía para los exiliados (Bobadilla, Juan Jiménez, Sánchez, Mella, Pérez, Pina, Duarte y su hermano Vicente); Duarte no se acogería a la amnistía.
Los únicos mandatarios extranjeros que se opusieron a la soberanía española en Santo Domingo fueron Ramón Castilla del Perú y Fabre Geffrard de Haití.
Durante ese viaje fueron perseguidos por el vapor español África hasta llegar a aguas británicas.
El entonces gobernador y capitán general español, Vargas, vendría a tener constancia del viaje de Duarte.
Parecía que los principios de conflicto interno entre sus representantes individuales estaban germinando en el bando revolucionario y su presencia no era muy deseable.
Esta misión terminó por convertirse en otra especie de exilio, aunque no se puede afirmar que esa fuera la intención del Gobierno Restaurador.
Habiendo zarpado desde la costa haitiana, en Santo Tomás se encontró con Valverde, y juntos continuaron a Curazao.
Trías en referencia a las posiciones expresadas por Valverde, manifestó el cuidado del Gobierno venezolano de no empeorar las relaciones con la Corona española.
Dicho exhorto solicitaba una investigación sobre Duarte y Rodríguez Objío basada en el interrogatorio adjunto.
Esta vez, la petición del diplomático español fue exitosa, lo que complicó la misión de Duarte en la capital venezolana.
El Pico Duarte, la montaña más alta del Caribe y otros lugares de interés llevan su nombre.
La primera relación la sostuvo con María Antonia Bobadilla, la cual terminó años después por razones desconocidas.
También algunos historiadores certifican que tuvo un hijo durante su estadía en Venezuela con una mujer llamada Marcela Mercedes.
Aquí se enumeran una breve lista de los sucesos "controvertidos" más relevantes y sus respectivas explicaciones históricas.