Desde su infancia, Núñez de Cáceres demostró gran amor por los estudios, pero su padre era un agricultor y quería que su hijo se dedicara al trabajo del campo, es por eso que no le gustaba que su hijo le prestara más atención a los estudios.

Intentó dotar a Santo Domingo de instituciones liberales que crearan prosperidad y progreso.

Núñez demostró un afán tenaz por mejorar la ruinosa situación económica de la colonia y tuvo constantes enfrentamientos con las autoridades, especialmente con Juan Sánchez Ramírez.

Las Cortes decidieron procesar a Álvarez de Toledo, pero él no pudo ser encontrado.

En mayo de ese año, arribó a la colonia Pascual Real como nuevo gobernador.

El 8 de noviembre, el mayor Andrew Amarante comenzó la rebelión anticolonial en Veler y siete días más tarde, actuando con rapidez, la situación se propagó a Dajabón y Monte Cristi.

También el mismo día se anunció el Acta Constitutiva de la Independencia, reglas que regirían las funciones generales del nuevo gobierno y la determinación de concluir un acuerdo con la Gran Colombia para establecer un Estado confederado con ella, sin renunciar a la soberanía del país.

Al día siguiente se anunció la creación del Estado Independiente de Haití Español (actual República Dominicana).

Sin embargo, esa nueva constitución consagraba el mantenimiento de la esclavitud, algo inaceptable para ese tiempo, según palabras de Cáceres «no sería su mano la que de una plumada redujera a la miseria a sus conciudadanos».

Consciente de los cambios políticos que tenían lugar en la parte este, el coronel Fremont, jefe de la comisión haitiana, informó al recién nombrado presidente del estado Núñez de Cáceres, que el presidente Boyer daría su apoyo al nuevo gobierno.

[1]​ Cuando Núñez de Cáceres leyó ese mensaje, se dio cuenta del peligro que corría la nueva nación.

José Núñez de Cáceres también tuvo un papel importante como escritor y profesor.

Fue acreditado como el primer fabulista dominicano y uno de los primeros cuentistas en la Hispanoamérica.

En su literatura, Núñez de Cáceres fue un escritor muy sabio y actualizado.

De los diecinueve personajes que actúan en los once cuentos del fabulista criollo, trece son encontrados en Iriarte, doce en Esopo y La Fontaine, nueve en Fedro y ocho en Samaniego.

Más tarde, después de su participación en algunos periódicos del país, estalló el movimiento separatista de La Cosiata, a la que se incorporó activamente.

El 7 de noviembre del mismo año, en la Asamblea celebrada en el convento de San Francisco en Caracas, en la que participó y habló Páez, dio uno de los discursos más revolucionarios, argumentando que «el pacto social se disuelve».

[1]​ Él y su familia se trasladaron a México, donde primero se establecieron en la ciudad San Luis Potosí y en Ciudad Victoria, capital de Tamaulipas.