Mitrídates I de Partia conquistó gran parte de las tierras orientales restantes del Imperio seléucida a mediado del siglo II a. C., incluyendo Asiria y lo que había sido Babilonia, mientras que el Reino grecobactriano siguió floreciendo al nordeste.
Su rebelión condujo a una nueva partición del imperio en el Pacto de Triparadiso en 320 a. C. Seleuco, que había sido el "comandante en jefe del campamento" de Pérdicas desde 323 a. C., colaboró más tarde en su asesinato, recibiendo Babilonia en 312 a. C., y desde aquel punto continuó ampliando sus dominios sin piedad.
Su hijo y sucesor, Antíoco I Sóter, quedó con un enorme reino que consistía en casi todas las porciones asiáticas del imperio, pero con Antígono II Gónatas en Macedonia y Ptolomeo II Filadelfo en Egipto, no pudo llegar a continuar donde había dejado su padre la conquista de la parte europea del imperio de Alejandro.
Los dos monarcas finalmente firmaron un tratado, por el que Seleuco cedía los vastos territorios del río Indo y Afganistán.
Megástenes describió detalladamente la India y el reinado de Chandragupta, descripciones que se han conservado gracias a Diodoro Sículo.
Hacia el final del reinado de Antíoco II, varias provincias proclamaron simultáneamente su independencia, como Bactriana bajo Diodoto I, Partia bajo Arsaces y Capadocia bajo Ariarates III.
Diodoto, gobernador del territorio bactriano, afirmó su independencia en torno a 245 a. C., aunque la fecha exacta está lejos de ser conocida, para fundar el Reino grecobactriano.
Cuando regresó al oeste en 205 a. C., Antíoco consideró que con la muerte de Ptolomeo IV, la situación parecía propicia para otra campaña occidental.
Alentado por el exiliado general cartaginés Aníbal, y aliado con la descontenta Liga Etolia, Antíoco invadió Grecia.
Hacia 143 a. C., los judíos, gobernados por los macabeos, habían establecido plenamente su independencia, a la vez que continuaba la expansión parta.
El hermano de Demetrio Nicátor, Antíoco VII, fue finalmente capaz de restaurar una fugaz unidad y vigor en los dominios seléucidas, pero también resultó inútil frente a la amenaza parta: fue asesinado en una batalla contra los partos en 129 a. C., lo que significó la desintegración definitiva del dominio seléucida en Mesopotamia.
Hacia 100 a. C., el antaño formidable Imperio seléucida abarcaba poco más de Antioquía y algunas ciudades sirias.
Los seléucidas continuaban existiendo únicamente porque ninguna otra nación deseó absorberlos ―dado que constituían un útil estado tapón entre el resto de sus vecinos.
En las guerras anatolianas entre Mitrídates VI del Ponto y Sila de Roma, los seléucidas fueron aislados por los dos bandos combatientes.
Incluso ahora, no pudo evitarse la guerra civil, pues otro seléucida, Filipo II, disputó el trono a Antíoco.
Los pueblos y ciudades históricamente importantes, como Antioquía, se crearon o fueron renombrados con nombres griegos más apropiados.
La cual se utilizó para los intereses griegos al tiempo que facilitaba la asimilación de muchos grupos nativos.
Muchas de las ciudades existentes comenzaron ―o fueron obligadas por la fuerza― a adoptar los pensamientos filosóficos, políticos y religiosos helénicos.
Tal fue el caso de la población judía del Imperio seléucida, al plantearle un importante problema que finalmente llevó a la guerra.
Asimismo, los seléucidas contaban en ocasiones con elefantes de guerra indios, que utilizaban para provocar el miedo entre sus enemigos, y con carros, para romper su cohesión.
Al igual que los Ptolomeos, con su riqueza, los reyes seléucidas lograron reclutar toda clase de personas como mercenarios, desde indios hasta cretenses, y en particular gálatas.
Se desconocen datos para regiones orientales como Carmania, Gedrosia, Drangiane, Arachosia, Media, Partia, Hircania y Aria pero no deben subestimarse.