En sus primeros años vivió una época de guerra civil constante entre su padre y su tío Antíoco IX.

Tras el asesinato de Seleuco VI, Antíoco XI se declaró rey junto con su hermano gemelo Filipo I.

[19]​ Durante el reinado de Seleuco VI, Antíoco XI y su hermano probablemente residieron en Cilicia.

[25]​ Esas monedas no fueron acuñadas en Tarso, y la patilla indica que esas emisiones fueron realizadas en ciudades al oeste de la base principal, cuando el rey las atravesó de camino a Tarso; para cuando Antíoco XI llegó a su cuartel general, aparecía con la barba completa.

[26]​ Los monarcas helénicos no utilizaban los números regnales, sino que generalmente empleaban epítetos para distinguirse de otros reyes con nombres similares y la numeración de los reyes que se utiliza en la actualidad es en su mayor parte una práctica moderna.

[27]​[3]​ En sus monedas, Antíoco XI aparece con los epítetos Epífanes (Glorioso) y Filadelfo (Que ama a sus hermanos).

Sin embargo, la visión romana probablemente no era objetiva; esas imágenes eran una política intencionada en un reino asolado por la guerra civil.

La mayoría de los monarcas seléucidas tardíos, incluido Antíoco XI, se pasaron sus reinados luchando, causando estragos en sus tierras.

Empleando esta imagen, Antíoco XI sugería que él sería un rey exitoso y popular como su padre.

[n 4]​[44]​ Según Eusebio, los dos hermanos saquearon Mopsuestia y la destruyeron para vengar a Seleuco VI,[10]​ aunque este hecho parece dudoso porque en el año 86 a. C., Roma confirió inviolabilidad al culto de Isis y Serapis en Mopsuestia, lo cual se evidencia por una inscripción encontrada en la ciudad.

[n 6]​[49]​ Filipo conservó el título real, pero se quedó en la ciudad que fue su base durante los preparativos para vengar a Seleuco VI.

Las fuentes antiguas sobre el período seléucida tardío son fragmentarias y no mencionan muchos detalles.