En el 96 a. C. Seleuco derrotó a su medio tío, Antíoco IX Ciciceno en venganza por la muerte de su padre y le sucedió en el trono.

[1]​ Sin embargo, la cosa quedó igualada al año siguiente (95 a. C.) por Antíoco X Éusebes, hijo de Antíoco IX, que lo puso en fuga y huyó de Siria a Mopsuestia, en Cilicia.

[2]​[3]​ Pero los habitantes del lugar planearon matarlo, por su carácter despótico.

Así, Seleuco fue quemado en el gimnasio o en su palacio de Mopsuestia,[1]​[3]​ o bien, según otras fuentes, se suicidó.

[2]​ Cuatro de los hermanos de Seleuco, incluyendo a Antíoco XI Epífanes, Filipo I Filadelfo y Demetrio III Eucarios, siguieron la devastadora guerra civil contra la otra rama de la familia.