Regresó a Siria en 116 a. C. para reclamar el trono seléucida de su medio-hermano y primo Antíoco VIII Gripo,[2]​ si bien ambos reinaron en partes diferentes de Siria, que quedó dividida.

Casado con Cleopatra IV, ella pone a su disposición su fortuna y su ejército.

[4]​ Durante quince años, la guerra civil se eterniza.

[3]​ A la muerte de su hermano, en 97 a. C.,[3]​ Antíoco IX se casa con su viuda, Cleopatra Selene I,[5]​ que es hermana de Cleopatra IV.

Gobierna entonces todo el reino de Siria, pero entonces entra en guerra con su sobrino Seleuco VI Epífanes, que le vence[5]​ y hace matar.